如果审查员对发明专利申请进行实质审查后认为不符专利法和实施细则规定的，主要是不符合专利授权三性要求尤其是新颖性和创造性要求的，会通知申请人并要求其在指定期限内陈述意见或修改申请文件。
有的申请人在递交申请文件之前的确做了比较充分的撰写工作和其他准备，一旦接到审查意见会备感意外，对专利技术前景自信不足。其实申请人不必在接到否定的审查意见后承担过度的心理压力。发明专利的在技术上的复杂性常常会导致审查员之间，甚至知识产权局专利局与专利复审委员会之间，专利复审委员会和法院之间的观点冲突。对专利三性的判断尤其是对创造性的判断问题上很大程度依靠审查员个人考虑问题的角度和对技术与法律本身的主观理解。所以在专利的实质审查过程中，审查员发出审查意见通知书要求申请人陈述意见或者修改申请文件是非常正常的现象，相当一部分发明专利申请都会经历一次或者两次意见陈述或修改。
当然，需要指出的是专利审查是非常强调程序法定的行政行为。申请人向审查员陈述意见或者修改申请文件时应该特别注意严格在法律规定的时间内进行。审查指南规定：“… 在审查意见通知书中，审查员应当指定答复期限。该期限由审查员考虑与申请有关的因素后确定。这些因素包括：审查意见的数量和性质;申请可能进行修改的工作 量和复杂程度等。答复第一次审查意见通知书的期限通常为四个月。”
如果出现再次审查意见通知书的情况，审查指南的规定为“再次审查意见通知书指定的答复期限通常为两个月。”另外，申请人可以请求延长指定的答复期限。但是，延长期限的请求应当在期限届满前提出。但如果申请人无正当理由逾期不答复的，该申请即被视为撤回。
