专利代理人在为发明人代理专利事务的过程中要履行一定的义务，根据《专利代理暂行规定》，专利代理人对在业务活动中所了解的发明人的发明创造，除专利申请已经公布或者公告的意外，有保守秘密的责任。除此之外，专利代理人不得代理利益冲突的上方当事人，如许可人与被许可人、出让人与受让人、侵权人与被侵权人等，此项义务与一般代理中的代理人不得双方代理义务是一致的。对于剽窃委托人的发明创造、故意泄露委托人的发明创造内容、严重损害委托人利益等行为，有关部门可视情节取消专利代理人的资格，情节严重者追究其法律责任。
《专利代理管理办法》第29条还规定：专利代理人承办专利代理业务应当以所在专利代理机构的名义接受委托，与委托人订立书面委托合同，统一收取费用并如实入帐。专利代理人不得私自接受委托，办理专利代理业务并收取费用。
而且专利代理人每年还要接受由国家知识产权局负责，各省、自治区、直辖市知识产权局以及国防专利局具体实施的年检。专利代理人的年检内容包括：专利代理人是否持有专利代理人执业证，是否按照要求参加执业培训;专利代理人是否有《专利代理惩戒规则(试行)》中所列的违法违纪行为。经年检发现专利代理人不符合法律规定的，省、自治区、直辖市知识产权局应当责令其在指定期限内予以改正;逾期不予改正的，给予年检不合格的结论。 经年检发现专利代理人有《专利代理惩戒规则(试行)》中的违法违纪行为的，可以提请各省、自治区、直辖市专利代理惩戒委员会给予惩戒。
