依照法律，中国法院审判案件实行“四级两审”的审判制度，即法院系统分为基层法院、中级法院、高级法院和最高法院四级，审判案件则须经一审、二审两审终审。大多数专利纠纷案件都在中级法院、高级法院的一、二审程序中审结;也有少数专利侵权案件由于诉讼标的数额巨大或有重大影响等由高级法院作为一审法院，这类案件如果上诉，上诉审法院就是最高人民法院。依照法律，最高人民法院还赋有进行专利诉讼司法解释和对全国各级人民法院审判进行监督的特殊职能。如果发现错案，无论那一级别、那一地方的法院终审审结的，都有权予以提审或指令再审。
在法院内部，分设刑事、民事、经济、行政、海事交通、知识产权等审判庭，分别负责各类审判工作。专利纠纷案件由知识产权审判庭的首席法官和法官、助理法官审判。依照中国法律，审判专利纠纷案件均由3、5、7等单数法官组成合议庭进行审判，第一审程序中可以聘请不是法官的法律或技术专家作为人民陪审员与法官组成合议庭审判案件，法官任审判长(注18)。但第二审程序必须由职业法官组成合议庭审判案件。
中国法院内部设有由资深法官包括法院院长、副院长和各审判庭庭长组成的审判委员会，讨论法院审判的少数重大、复杂、疑难的各类案件，每年也有若干件(1-2件)专利纠纷案件被提交最高法院的审判委员会讨论。被提交的案件一般是经过开庭审判后合议庭提出了处理意见的案件。法院院长、副院长有权根据审判庭庭长和案件承办法官的意见向审判委员会提交需要讨论的案件。审判委员会召开会议时，先由审判该案的法官向委员们报告案件事实、证据和处理意见，而后由委员们讨论处理意见，遇有分歧意见，按少数服从多数原则作出决定。依据法律和规定，审判委员会的决定就是法院处理该案最终的意见，承办案件的法官必须服从。审判委员会的资深法官们具有各部门法律的综合知识和丰富的司法经验，他们的决定极具权威性;最高法院的司法解释文件(其内容类似英美法系判例法中的司法原则)也必须由审判委员会讨论通过。他们为中国的法制建设作出了重要的贡献。然而，在中国司法改革中，各级法院审判委员会讨论案件的作用呈现减弱趋势，审理重大、复杂和疑难案件的更大职权和责任逐步放在承办案件的法官身上，以保障效率和公正。中国法院新建立的错案追究制度将加强这种趋势。此外，中国法院在专利等知识产权案件的审判中还实行了聘请知识产权法律和各专业技术领域专家学者为咨询顾问的制度，实行在一定时期或一定案件中特邀聘请大学、科研单位等有专业知识、实践经验的专家、学者担任陪审员审理案件。这些措施都提高了中国法院审判专业性强、适用法律难度大的知识产权案件的能力和水平。
