授予专利权的“三性”要求对专利申请和审查来说都十分重要。根据我国专利法第22条规定，授予专利权的发明和实用新型，应当具备新颖性、创造性和实用性。基因专利也必须符合“三性”，在实用性上还有更高要求。
新颖性，是指在申请日以前没有同样的发明或者实用新型在国内外出版物上公开发表过、在国内公开使用过或者以其他方式为公众所知，也没有同样的发明或者实用新型由他人向国务院专利行政部门提出过申请并且记载在申请日以后公布的专利申请文件中。在理论上，又可以分为绝对新颖性(不为公众所知)，相对新颖性(未被公开使用)。基因序列的新颖性判断比创造性和实用性简单，往往参照期刊杂志或商务(或公共)基因银行公布的信息，如果申请的序列已经被部分(或全部)公开，则缺乏新颖性。
创造性，是指同申请日以前已有的技术相比，该发明有突出的实质性特点和显著的进步，该实用新型有实质性特点和进步。在基因领域，考虑到其特殊性，采用参考性判断方法即引入往往是长期悬而未决的难题、他人的失败、商业上的成功等参考性因素往往能使模糊的创造性判断清晰化。
实用性，是指该发明或者实用新型能够制造或者使用，并且能够产生积极效果。简单的说，实用性就是指产业上能够应用，在基因工程领域，测序技术相当发达，一天就可以测出很多基因序列，但功能的研究确是很复杂，随着专利法对基因专利申请要求的提高，只有具有了确定的功能才能提出申请。在实际上，我国基因专利在实用性上存在着问题，在基因专利申请浪潮背后存在着一定的质量问题，这是值得忧虑的。另外，还有一个再现性问题，这往往归为实用性的一部分。
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