育种者应提交相应的申请文件。文件内容包括：植物新品种权请求书、说明书和照片。
文件准备齐全后，申请林业植物新品种权的申请人，可以直接向国家林业局提出申请，也可委托国家林业局指定的代理机构代理申请。对于申请品种权的育种者，可以直接向国家林业局植物新品种保护办公室递交申请文件，也可通过邮局邮寄申请文件。
申请文件递交后，申请人所申请的保护品种将在国家林业局下发的书面公告或网上进行公告，如果在公告期没有任何人对该品种提出质疑，该申请人将获得新品种保护权。
代理机构。目前分布在全国各地的植物新品种权代理机构共有21个。分别是北京中林绿秀植物新品种权代理事务所；北京北林方圆植物新品种权事务所；北京众合诚成知识产权代理有限公司；北京海虹嘉诚知识产权代理有限公司；上海林业植物新品种权代理事务所；南京南方植物新品种权事务所；山东植物新品种权事务所；福建绿闽植物新品种权代理事务所；黑龙江北方植物新品种权代理服务中心；海南林业植物新品种权代理中心；广东林业植物新品种权事务所；湖南省林业植物新品种保护代理处；甘肃省林业植物新品种权代理事务所；浙江植物新品种权事务所；云南植物新品种权事务所；哈尔滨东林植物新品种权代理事务所；浙江富阳亚热带植物新品种权事务所；安徽省林业植物新品种权代理中心；山西省林业植物新品种保护事务所；湖北省楚林植物新品种权事务所；安徽省林科新品种权代理公司。
一是个人执行其单位的任务或主要是利用其单位的物质条件，包括资金、设备、场地、繁殖材料及技术资料等所完成的育种属于职务育种，品种权属于其单位。非职务育种的品种权应属于完成育种的个人。
二是委托育种的品种权的归属应由委托方与受委托方的合同确定，如没有合同约定，其品种权属于受委托方。也就是说，不直接从事育种工作的单位或个人也可以通过委托育种的形式获得品种权，由此获得经济效益。
三是合作育种的品种权属于共同完成育种工作的单位和个人。
四是两个以上的申请人分别就一个植物新品种申请品种权时，品种权授予最先申请的人；同时申请的，品种权授予最先完成的人。
五是植物新品种的申请权和品种权可以依法转让。在某种意义上讲，品种权实际上也是一种商品，因此也可以按照市场经济的原则进入市场。
我国植物新品种保护工作是由国家林业局和农业部两个部门来进行的。根据两部门在植物新品种保护工作上的分工，国家林业局负责林木、竹、木质藤本、木本观赏植物（包括木本花卉）、果树（干果部分）及木本油料、饮料、调料、木本药材等植物新品种保护工作。目前，我国对植物品种权的保护还仅限于植物品种的繁殖材料。对植物育种人权利的保护，保护的对象不是植物品种本身，而是植物育种者应当享有的权利。
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