侵犯知识产权罪是指违反知识产权保护法规，未经知识产权所有人许可，非法利用其知识产权，侵犯国家对知识产权的管理秩序和知识产权所有人的合法权益，违法所得数额较大或者情节严重的行为。
一是单位犯罪定罪存疑难。伴随着一人公司的增多，如何有效认定并追究单位刑事责任成为司法实践中的突出问题。因此，在加强取证判明行为人在单位中实际地位及经济利益归属的同时，我们认为，应依托单位诚信档案等信息平台，加强对单位法律行为的监督，避免符合单位犯罪构成要件的一人公司规避刑罚，扼制地下工厂的增长势头，防止借口工作人员个人侵权而掩饰单位犯罪的实质。
二是主观认定难以把握。第一，“明知”的认定标准不一致。对“明知”的推定，有人认为是对犯罪人认识因素的推定，也有人认为是对意志因素(犯罪故意)的推定。在此认为，只要推定事实要素存在，即可认定属于故意犯罪，除非有确实证据证明行为人确实出于疏忽大意而不知情。据此，认定理由应表述为三层意思:①对犯罪嫌疑人主观方面的考察不应完全依赖口供；②结合商品进货渠道、销售价格、会计账目、销售手段、经营史等开展全面调查取证；③基于犯罪嫌疑人的行业惯例及心智水平对是否“明知”加以司法推定。
第二，实务部门普遍反映，在假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪中，很难界定侵权产品实际销售价格，进而也就难以认定“非法经营数额”。如无法查清，我们建议承办人将“无法查清”的情况告知犯罪嫌疑人，听取其对实际销售价格的意见，若未提出实质性意见，则按照《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》(以下简称《解释》)第十二条以“被假冒注册商标商品的市场中间价格”计算(第十二条内容为本解释所称“非法经营数额”，是指行为人在实施侵犯知识产权行为过程中，制造、储存、运输、销售侵权产品的价值。已销售的侵权产品的价值，按照实际销售的价格计算。制造、储存、运输和未销售的侵权产品的价值，按照标价或者已经查清的侵权产品的实际销售平均价格计算。侵权产品没有标价或者无法查清其实际销售价格的，按照被侵权产品的市场中间价格计算)。
第三，对于侵犯著作权罪中“以营利为目的”的确认。可就出版社、制作人、网站等媒介的间接侵权责任加以认定，它们可能并未直接获利，但可根据《解释》第十一条第一款，认定其通过提高知名度、发行量或点击率从中间接获利，并基于此考察其是否具有间接故意。在无法追究行为人刑事责任时，追究媒介的责任，补偿权利人利益损失。
三是相关法条理解不一。如对于假冒注册商标罪中“相同的商标”的认定。其难点在于“相同”和“相似”或“类似”的区别。侵犯著作权罪中网络侵犯著作权案件较多。抽样调查显示，网络侵犯著作权案件有11件，占全部14起案件的78.57%。此类案件中如何理解“复制”与“发行”的争议最多。对于侵犯商业秘密罪“保密措施”的理解。在侵犯商业秘密罪中，达到何种程度可认为采取了合理的保密措施，尚无相关的法律规定。由于理解不同，致使类似的案件判决不一。因此，我们认为应通过完善立法加以规范，增强同一法律、不同法律之间的内在协调性。
四是调查取证比较困难。制假售假已不再局限于小作坊方式，而是趋于组织化、智能化，逐步形成了专业化分工及一条龙服务。制假售假隐蔽性强，由公开、半公开转入地下、半地下状态，给取证带来极大困难。实务部门普遍反映，在烟草类案件中，的行政执法和司法活动仅起到“灭火”作用，“幕后黑手”往往无法查处。因证据原因只惩处从犯而无法惩处主犯的现象时有发生。同时，网络犯罪也给取证技术和时效提出了更高要求。实践中被害人(单位)证据保全愿望无法得到实现，使得电子证据短时间内被销毁，加大了取证难度。对此，我们认为，要完善调查取证和强化诉讼参与意识。探索在刑事诉讼中采用民事诉讼中的临时措施，包括采取相关措施停止涉嫌犯罪行为，查封、扣押、冻结行为人财产(财产保全)及证据保全，以有利于增强权利人参诉的积极性，加强固定证据的及时性与有效性。
