在确定侵犯商业秘密的损害赔偿额时，应当充分考虑以下各方面的因素：
1、商业秘密权利人的侵权行为而遭受的损失。这主要是权利人可计算的财产、收入方面的损失。包括：(1)研制开发成本，如花费的时间、金钱和付出的财力等;(2)现实利益损失，如生产成本的降低、销售额的提高、利润率的增加等;(3)将来可得利益的合理预期。
2、以侵权人因侵权行为获得的利润为赔偿额。具体计算方式可以为：销售量减少的数量乘以每件产品合理利润的乘积;销售减少的总数难以计算的，可以侵权人的产品在市场上销售的总数乘以每件产品的合理利润的乘积作为损失的赔偿额。
3、未能确定权利人的损失或者侵权人所获利润的，可参照商业秘密许可使用或者花费的的合理费用来确定。当商业秘密权利人与他人曾签订商业秘密许可合同时，可采用此种方法计算赔偿额，一般情况下，其许可费用是多少，可推定该数额为赔偿数额。当然，在用该方法确定赔偿数额时，应当综合考虑侵权人的性质、情节以及商业秘密许可的性质、范围、时间等因素，在不低于许可费用至该许可使用费的3倍幅度内确定。法院可以根据权利人的请求及具体的案情，将权利人为进行调查、制止侵权行为、聘请律师费等支付的合理费用计入损害赔偿数额中。
4、定额赔偿。定额赔偿是由人民法院根据案件的具体情况酌情确定的赔偿额。在知识产权案件中，经常会出现原告的损失和被告的获利均无法查明的情况，根据《专利法》第六十五条规定：“权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿”。
对于上述损害赔偿额的确定方法，一般按照以下先后顺序予以采用：以权利人的实际损失或推定损失优先确定;不能确定的，可以采用侵权行为人的实际获利或商业秘密许可使用费的方法确定;上述两种方法均不能确定时，则考虑采用定额赔偿的方法，根据商业秘密的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予侵权人1万元以上100万元以下的赔偿，以切实保护商业秘密权利人的合法权益。
商业秘密赔偿数额一般以己方受到的损失和侵权获得的利益为计算依据。我国反不正当竞争法第二十条第一款规定，经营者违反本法规定，给被侵害的经营者造成损害的，应当承担损害赔偿责任，被侵害的经营者的损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润;并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。但这仅仅是原则性规定。最高法院和地方法院对此作出一些相应的司法解释参考意见。目前普遍采纳的办法有：
(1)以被侵权人的利润的减少作为赔偿的金额;
(2)以侵权人在同等条件下获得该商业秘密须付出的转让费作为赔偿依据;
(3)以侵权人的侵权产品销量乘以被侵权人在被侵权以前该产品的平均利润作为赔偿依据。
对于侵犯商业秘密的赔偿数额我们可以从如下几方面进行把握：
1、按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿额。权利人因被侵权所受到的损失是指因侵权人的侵权行为，导致权利人的产品在市场上销量下降，减少获利的数额。具体以何种方式，权利人有权按照对自己最有利的方式进行选择。计算方式为：可通过销量减少的总数乘以每件产品的合理利润之积计算;销量减少的总数难以确定的，可以侵权人的产品在市场上销售的总数乘以每件产品的合理利润之积作为具体的赔偿额。
2、在不能确定被侵权人损失或侵权人所获利益的情况下，可参照商业秘密的许可使用费作为赔偿数额。法院可根据商业秘密许可使用费数额、许可的性质(是独占、排他还是普通等)、范围以及侵权人侵权的性质和情节等因素综合考虑，参照该许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额;没有商业秘密许可使用费可供参照或许可使用费明显不合理的，法院可根据上述因素自由裁量，一般在人民币5000元以上30万以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。另外，法院可根据权利人的请求及具体的案情，将权利人为进行调查、制止侵权等所支付的合理费用计算在赔偿范围之内。
3、定额赔偿。即法院根据案件的具体情况酌情确定赔偿额。在知识产权侵权损害赔偿中，经常出现权利人所受到的损失及侵权人获利均无法查明的情况，司法实践中即采取酌情赔偿的方法来处理。根据最高人民法院《关于全国部分法院知识产权审判工作座谈会纪要》：“由于侵犯商业秘密行为的损害赔偿额可参照对于已查明被告构成侵权并造成原告损害，但原告损失额与被告获利额等均不能确认的案件，可以采用定额赔偿的办法来确定损害赔偿额。定额赔偿的幅度，可掌握在5000元至30万元之间，具体数额，由人民法院根据被侵害的知识产权的类型、评估价值、侵权持续的时间、权利人因侵权所受到的商誉损害等因素在定额赔偿幅度内确定。”同时，由于侵犯商业秘密行为的损害赔偿额，可参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行，而2008年修改的《专利法》已将侵犯专利权赔偿数额确定为1万元以上100万元以下。故对于侵犯商业秘密的损害赔偿也应是一般在5 000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币100万元。
除此之外，当事人自愿协商赔偿额也是实践中常用的一种方式。民事权利作为一种私权，当事人完全有权决定自己权利的取舍。只要这种取舍不损害国家、社会或者第三人的合法权益即可。
