为了有效的保护商业秘密，企业不仅要与本单位员工签订保密协议，而且在商务活动中要与接触商业秘密的其他机构或者人员签订保密协议，此类保密协议的内容与员工的保密协议不一样，每份保密协议的内容也不完全相同，一般包括下列几项：
一是商业秘密的内容。笼统含糊地规定为商业秘密是不够的，应当详细明确的列明保密文件的名称、页数、份数、大致内容等。
二是文件披露的范围和目的。披露给律师是为了保护权利人的利益，而不是为其自用，披露给咨询机构是让其为权利人利益作分析等。
三是文件披露的期限。规定期限的目的是让对方在期限一到即应当交还及销毁复印件、拷贝、备份盘。
四是规定外部人员的保密义务。如要求对方指定专人保管，告知权利人文件存放地点，以便定期检查，告知权利人是否复印、拷贝文件，权利人还可以要求对方采取某些保密措施。在计算机及国际互联网日益发达的今天，一旦商业秘密被存储在电子存储系统，要跟踪是比较困难的，因此，商业秘密权利人应当尽最大努力进行跟踪。
五是要求与对方代表、签约代理人、关联企业等直接与商业秘密接触的员工、机构签定保密协议。由于一旦发生泄密，对方往往会以不承担员工的个人责任来抗辩，实践中，这种抗辩有时是成功的。因此，权利人应当要求对方的员工承担保密责任，这样在出现侵权时，权利人可以要求对方及其员工共同承担责任。如果商业秘密权利人向一家企业的分支机构或附属机构披露商业秘密，一定要考虑到同该企业的母、子企业、控股企业签定保密协议。
六是保密协议的有效期。保密协议应当要求对方及其员工在双方业务关系结束后仍要对权利人的秘密予以保密。至于保密期限多长，要根据预计的商业秘密价值期限适当确定。
七是违约金、赔偿金的约定。关于违反保密协议的违约金，我国法律并没有规定，而由当事人约定。如果违约金的数额不足以弥补损失，违约方还应当予以赔偿。商业秘密权利人在谈判保密协议时应按照该原则确定违约金及赔偿金数额。
