一、关于商标许可使用合同备案问题
修改前和修改后的商标法均规定，商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标，商标使用许可合同应当报商标局备案。商标法实施细则还规定，许可人和被许可人应当在许可合同签订之日起三个月内，将许可合同副本交送所在地县级工商行政管理机关存查，由许可人报送商标局备案，并由商标局予以公告。违反此项规定的罚则是，由许可人或者被许可人所在地工商行政管理部门责令限期改正;拒不改正的，处以一万元以下的罚款，直至报商标局撤销该注册商标。与此相比，商标法实施条例虽也规定许可人和被许可人应当在许可合同签订之日起三个月内将合同副本报送商标局备案，但既没有规定存查和公告程序，也没有规定不报送备案应负的法律责任。虽然商标法规定商标使用许可合同“应当”备案，但是商标许可使用合同是不是必须经过备案才产生法律效力呢，答案显然是否定的。
首先，修改后的商标法已经充分体现了尊重私权自治的原则，商标许可使用是民事主体之间自愿发生的民事行为，双方许可使用合同一经签订即产生法律效力，除非当事人特别约定，不需要经过他人的批准或确认，如果发生法律上的纠纷，双方当事人则可以寻求司法救济。其次，许可使用协议是主合同，许可备案是从合同，按照主合同与从合同的关系，主合同不依赖从合同而独立存在，从合同以主合同的存在为前提，在效力上受主合同的影响和制约，因此不进行许可备案并不影响许可协议的成立，除非双方在许可协议中有特别的约定。既然备案不是商标许可使用的必经程序，也不是许可合同成立的要件，那么为什么还要规定“应当”备案呢，这一问题可以从另一个角度即商标行政管理角度来理解。现实生活中，社会和法律对执法的效率和准确1生提出了越来越高的标准和要求，而合同签订形式的多样化，以及当事人之间合同关系的不确定性，都给日常商标行政管理工作带来了挑战和压力，而经过国家商标主管机关备案的商标许可合同则有利于执法机关掌握商标使用人使用注册商标的情况，及时查处商标侵权行为。所以，从这一角度理解，国家法律作出强制性规定，立法宗旨不在于干涉民事行为，而在于提高执法的准确性，切实保护商标注册人的合法权益，维护正常的公平竞争的社会秩序。
二、商标权主体发生变化后，商标使用许可合同的效力问题
商标权主体发生变化主要指以下三种情形：一是商标转让;二是商标注册人名义变更;三是商标主体消亡。一般来说，商标权发生移转或商标注册人名义发生变更，均不影响商标权本身的存在：商标权主体即使消亡，如果不经过一定的时限、不经法定程序予以注销，其商标权依然存在。由于商标许可使用是双方当事人在公平自愿、互利互惠的基础上发生的民事行为，其行为一经发生就要受到保护，即使其中一方当事人发生变化，并不影响合同关系的成立和行为的延续。作为无形财产的商标权在这一点相当于有形财产发生的租赁合同，租赁期间发生的所有权变动不影响租赁合同的效力。但在两种情形下，商标权主体发生变化，被许可人不得再继续使用该注册商标，否则构成商标侵权行为或冒充注册商行为：一是当事人另有特别的约定，如附条件的或附期限的商标许可使用合同;二是许可使用合同本身有缺陷的，如超出有效期限、超出商品范围、自行改变商标内容等。
三、商标权客体发生变化后，商标使用许可合同的效力问题
商标权客体的变化主要指商标权的消亡或终止，包括三种形式：商标注销、商标撤销以及商标权自然终止。首先，分析一下商标权注销对商标使用许可合同的影响。第一种情形，如果商标权是商标注册人主动注销的，应当事先同被许可人进行协商并取得其同意，商标注册人注销商标后，商标使用许可合同归于终止。如原注册商标进入公有领域，原被许可人可以作为未注册商标使用;反之，如被他人申请注册，原被许可人不得再使用该注册商标，否则可能构成冒充注册商标行为或商标侵权行为。第二种情形，如果商标权是被动注销的，如注册人消亡而导致商标被注销等，被许可使用人如果确知该商标已经注销则不应当使用;如果被许可使用人不知道该商标已经被注消，根据过错归责原则，可以不承担法律责任。其次，分析一下商标撤销对商标使用许可合同的影响。第一种情形，注册不当商标的撤销。根据商标法实施条例的规定，该注册商标视为自始即无效力，撤销决定对已经履行的商标使用许可合同不具追溯力。但注册商标被撤销后，原商标注册人应当通知被许可使用人，被许可使用人不得再使用该商标;如果原注册人未尽通知义务，则被许可使用人不承担责任。第二种情形，三年不使用商标的撤销，如果原注册人存在，其应当通知被许可使用人，被许可使用人不得再使用该商标，否则，承担法律责任;如果原注册人未尽通知义务，或原注册人已经不存在，被许可使用人无法知道该注册商标已经被撤销而继续使用，同样根据过错归责原则，可以不承担法律责任。最后，商标权如果是自然终止，有效期届满后被许可使用人不得再使用该商标。
需要注意的是一些合同纠纷案件具有商标侵权的表象，如未经商标注册人许可擅自开设品牌专卖店经营非侵权商品等，权利人往往不认为是一般的民事纠纷而投诉到执法部门寻求行政解决。这类案件，需要执法部门准确予以判定，谨慎决定是否介入，否则可能吃力不讨好，甚至被提起行政诉讼。
