现行法律规定
商标许可使用是商标权人实现商标财产权的重要途径之一，对于“商标许可使用合同”，我国商标法第40条、商标法实施条例第 43条均明确要求许可人应履行“备案”手续，但却未涉及商标许可合同备案的法律效力问题。我国最高法院颁布并于2002年10月 16日施行的《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》 (以下简称《司法解释》)第十九条弥补了现有法律规定的不足，该条共有两款，即：
“商标使用许可合同未经备案的，不影响该许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。
商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人”。
正确理解上述规定，显然是正确适用该规定的前提。
困惑
为叙述清楚，我们做如下设定·在先未备案商标许可合同为A，许可人为甲，被许可人为乙；在后经备案的商标许可合同为B，许可人为甲，被许可人为丙。
依前述设定，所谓“不得对抗”至少传达出一个确切的信息，即A合同的被许可人乙不得以在先订立并存续之A合同作为主张8合同无效的抗辩理由。也即8合同应为有效，受到我国法律保护。但在此基础上，我们如何认定A合同的效力呢? “不得对抗”是否应指在B合同视为有效的情况下， A合同应视为无效呢?但如此理解，至少会存在如下疑问：
(1)与上述司法解释第19条第1款“商标使用许可合同未经备案的，不影响该许可合同的效力”的规定相矛盾；
(2)之所以出现在后许可合同 B，往往是在先合同A的甲方违约的结果，相应的，合同A的乙方是最直接的受害人。但如果合同B不但因为履行了“备案”手续而合法有效、合同A因未履行相应手续被认定无效，而且，更严重的是，履行合同A“备案”手续恰恰是许可人甲方的法定义务，乙方对“备案”与否无从控制，那么，因为A合同的甲方违约而导致没有任何过错的乙方承担A合同无效的后果(尽管其有权追究乙方的A合同违约责任)显然有失公平。
如果A合同也有效，那么意味着A、B两个许可合同均有效并存。而我们知道，商标许可合同根据许可之权利的范围、大小可分为独占使用许可、排他使用许可及普通使用许可三类。根据此三类许可合同的性质来考察，可能留给我们的困惑会更多。例如：
A、B两合同均为独占使用许可合同或排他使用许可合同，二者的性质从根本上决定了两合同不可能有效并存，否则，两合同的性质均将变为普通使用许可合同。
再如，A合同为普通使用许可合同，而B合同为排他或独占合同，二者并存后，虽然对A合同的被许可人的商标使用权不产生影响，但无疑会损害B合同的被许可人，也即丙方的权利；如默认丙方权利遭受损害的事实，那么，无疑又与“不得对抗第三人”的立法本义相违背。
法律分析
一、《司法解释》第19条出台的原因
欲考察《司法解释》第19条的合理性，了解该条出台的背景和立法初衷显然是必要的。
根据最高法院知识产权庭庭长蒋志培的权威学理解释”，该条司法解释出台的背景在于：实践中存在商标使用许可合同不备案情况，并且不在少数。一旦出现纠纷，一些当事人根据自己的利益，往往以许可合同未经备案、违反法律强制性规定为由，主张该合同无效。因此做出了第十九条第一款的规定。
并且，商标使用许可的备案手续，对社会公众，特别是对那些需要与该商标权人进行交易的善意第三人来说，十分重要，是一种了解该商标许可状况、保障交易安全的有效手段。因此，《若干解释》第十九条第二款的规定就为保护商标许可等合同双方当事人的合法权益，保证交易安全，同时也为规范商标许可行为和完善商标许可合同的形式要件，奠定了基础、创造了条件。
二、《司法解释》第19条显然是借鉴了物权理论中的物权变动的“登记对抗主义”
在传统民法理论中，知识产权作为无形财产权的一种，是与物权、债权共同置于财产权这一上位概念下的，但正是知识产权所体现出的财产性特征，如知识产权可以转让，可以设质担保等，使得借鉴物权法理论研究知识产权问题成为可能，甚至有学者直接将知识产权推定为“权利物权”。
而物权法理论中，物权公示是其一项基本原则，即为了物权取得的安全性、排除他人干预等原因而对物权变动情况采取公示方式。关于物权变动的效力，国际上一般有两种立法例，即实质主义登记，或称“生效主义”：另一种为形式主义登记，或称”对抗主义”。前一种是指登记有决定物权变动(设立、移转、变更和消灭)能否生效的作用，即不登记不生效；后一种是指物权的变动效力仅仅由当事人的行为决定，不以登记为生效要件，但是为交易安全考虑，不经登记之物权不得对抗善意第三人。 很显然，我国的“商标许可合同备案”的效力采取了形式主义登记，即登记对抗主义的立法例。
三、登记对抗主义的法律后果
采取“登记对抗主义”立法例决定了物权变动未经登记的“不得对抗善意第三人”的法律后果。即，如果把商标许可视为权利物权 (商标权)变动(许可他人使用)的一种方式的话，那么，甲与乙虽然签订了商标许可使用合同A，且此合同在法律上仍然有效，但由于未依法进行备案，那么，对于任何善意第三人而言，此商标许可合同 A并不发生任何权利物权(商标权)变动(许可使用)的效力，而仅具有规范甲、乙两方当事人合同权利义务关系的债权效力。
实际上，上述认识与我国最高院《关于适用若干问题的解释(一)》第九条的规定是完全一致的。该《解释》第九条规定，法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力，合同标的物所有权及其他物权不能转移。由于“公示手续”是物权变动(广义上讲，包括权利物权)的要求，所以上述规定明确了未依法登记的后果不是“合同不生效”而是“合同标的物所有权及其他物权 (如商标使用权)不能转移”。 [page]
在适用上述司法解释第19条规定时，笔者认为关键问题集中于下述：
(一)如何界定善意第三人
首先，“第三人”应指所有对该商标使用许可合同的标的--商标权的各项权能具有现实利益关系的该许可合同当事人以外的任何人。如该商标权的受让人、质权人、其他被许可人等。只是因为实践中出现的最为集中的“第三人”是在后许可合同之被许可人，所以，本文集中讨论“第三人”为“在后许可合同之被许可人”的情况。
其次，所谓“善意”，是相对于“恶意”而言的，善意是指不知情…。也就是在后被许可人不知或不应知道该同一商标权已存在在先许可的事实，且此在先许可与在后许可无法共存。事实上，笔者以为，善意除了是一种主观状态外，还含有第三人民事行为合法性要求的意味，也就是说，如果在后被许可人获得商标使用权时存在违法或瑕疵的情况，例如，在后被许可合同也未备案或存在其他不符合法律的强制性要求的情况，则当然应推定在后被许可人不符合“善意”要求。另外，考虑善意与否时还应个案分析，但商标权人与在后被许可人的关系，在后被许可合同的许可是否有偿，以及与在先许可费用相比的高低等也是应予考虑的因素。
(二) “不得对抗善意第三人”在商标许可合同效力中的适用
根据前述分析，加之，商标权虽然可以视作为一种权利物权，但毕竟由于商标权客体的无形性特点，从而使“不得对抗善意第三人”这一物权概念在商标许可合同的效力认定中体现出其特有的适用特点，现分述之：
1.如果在后经备案的许可使用合同采用的是排他或独占的方式，则不论在先合同是何种方式，由于二者客观上无法共存，所以尽管在先合同仍有效，但由于对第三人而言，不产生物权转移(许可)的效力，所以，在先合同事实上不能履行，在先许可合同的被许可人只能根据合同约定行使债权权利，追究许可人的合同违约责任。
2.如果在后许可合同采用了普通许可方式，则：
(1)如果在先合同采用的也是普通许可方式，则，由于二者可以共存，实际上对“善意”第三人并不发生对抗作用，所以二者完全可以同时履行；
(2)如果在先合同采用的是排他或独占方式，则二者无法共存，在后合同效力优先，在此基础上在先合同的效力，根据在先合同被许可人的选择，有二种处理方式，第一是在先合同的被许可人要求解除合同，并要求违约的许可人承担合同违约赔偿责任；另一种是在先合同的被许可人希望继续履行原合同，但原合同性质由于在后合同的存在，事实上不得不变更为普通许可合同，对此，在先合同的被许可人仍可以要求许可人承担合同违约赔偿责任。
另外，现实中也不排除在先和在后许可合同均未备案的情况，在此情况下，如何处理二者之间的关系呢?
笔者以为，如两合同均未备案，则两个合同均不能对抗“善意第三人”，但该两合同的被许可人均不能被视为“善意第三人”。就此两合同而言，如二者性质均为普通许可，则两合同共存，继续履行。但如二者可能存在冲突，则应保护在先合同的履行，但必须澄清的是，之所以保护在先订立之合同，其理由并非是该合同订立在先，而是因为许可人在订立了在先合同后，其事实上已无权订立在后之与在先合同相冲突的许可合同，也即许可人存在“无权处分”的事实。
