专利权与商标权的主要区别为：
(1)保护的目的不同
专利权保护的发明创造，是技术上的解决办法或者外观设计上的艺术创作和独特创意。保护的目的，在于的鼓励发明创造，有利于发明创造的推广应用，促进科学技术进步和创新。
而商标权保护的商标，是具有区别商品或者服务来源的显著特征的标志。保护的目的，为了促进生产者保证商品质量和维护商标信誉，以保障消费者的利益，促进社会主义商品经济的发展和公平竞争。
(2)保护的对象和范围不同
专利权的对象是获得专利的发明，实用新型或外观设计。其中发明是指前人没有的、先进的、经过实践证明可以应用的一种重大的科学技术新成就；实用新型是指对物品的形状、结构或组合所作的革新设计，又称小发明；外观设计是指对产品的形状、图样、色彩或其结合作出的富有创新美感而适于工业上应用的新设计。对专利权的保护范围分别以发明，实用新型的权利要求的内容为准和以表示在图片或照片上的外观设计专利产品为准。
商标权的对象是以文字、图形或者其组合构成的注册商标。对商标权的保护范围以核准注册的商标和核定使用的商品为限。
(3)国家主管机关和适用的相关法律不同
我国《专利法》(2000年8月25日第二次修订版)是管理专利的基本法律。国家知识产权局专利局主管全国专利受理和审查专利申请的管理工作。
我国《商标法》(2001年10月27日第二次修订版)是管理商标的基本法律。国家工商行政管理局商标局主管全国商标注册和管理的工作。
(4)时效性的不同
我国的《专利法》规定，发明专利的有效期为20年，实用新型和外观设计专利的有效期为10年，期限届满均不得续展。
而我国《商标法》规定，注册商标的有效期为10年，期满可以续展注册，而且可以无制重复申请，每次续展注册的有效期均为10年，因此商标权的有效期实质上可以是无限期的。
显然，专利权和商标权是分属两种不同范畴的知识产权，有明显的不同点，分别受到《专利法》和《商标法》的保护。
但是在特殊情况下，某一权利客体中的一部分会出现在另一权利之中。具体地说就是：当专利发明的名称和外观设计在符合《商标法》规定条件的情况下，可以作为商标申请注册；而含有与注册商标相同或近似的文字、图形及组合在符合《专利法》的情况下，也可以申请外观设计专利。由于专利权和商标权受各自相应法律的保护，当两者的权利人为不同一人时，则会出现专利权与商标权对抗冲突的情况。对于这种情况的出现，可以根据国家工商行政管理局商标局《关于处理商标专用权与外观设计专利权权利冲突问题的意见》(1995年12月7日)的原则予以处理解决。“商标专用权和外观设计专利是重要的知识产权，分别受《商标法》和《专利法》的保护。这些权利的取得，应当遵守《民法通则》中的诚实信用原则，不得侵害他人的在先权利。”
