注册商标的撤销与无效都将最终导致商标权的灭失，但他们是两项完全不同的制度。其区别是：
首先，导致注册商标可撤销与注册商标无效的原因不同。注册商标无效是因为直接违反了法律、法规的禁止性规定，侵犯到了国家的法律秩序和公共利益，因而是当然的无效、自始的无效、绝对的无效;注册商标可撤销是因为注册商标在申请注册过程中和获得注册后侵犯了他人的合法权益，只是当时合法权利人未发现。如果在合理期限内(比如5年内)权利人发现自身的权利受到侵犯，则可以向商标行政管理机关提出撤销注册商标的申请。
其次，处理程序不同。由于无效的注册商标直接违反了法律、法规的强制性规定，从而侵犯了国家的法律秩序和公共利益，因此注册商标无效的裁定应当由商标行政管理机关依职权主动做出，但是并不排斥社会公众对注册商标的效力进行监督;注册商标可撤销的申请一般只能由利害关系人提出，商标行政管理机关一般不得主动撤销，必须根据利害关系人的申请撤销注册商标。
再次，撤销的效力与无效的效力不同。前面已经提到，注册商标无效是当然的无效、自始无效、绝对无效，注册商标无效的裁定具有溯及力;而注册商标被撤销前是有效的，只是被撤销后其效力才归于无效，因此被撤销注册商标是嗣后的无效、相对的无效，注册商标被撤销的裁定不具有溯及力。
可见，注册商标的无效和可撤销制度存在着很大差异，对二者进行细致区分具有重大的理论和现实意义。但是在我国商标法理论和实践中，并未对二者进行有效区分。我国商标法实际上将注册商标的无效作为条件来看待，而将注册商标被撤销作为其被裁定无效后的法律后果;在表现形式上，只能表现为注册商标的无效，从而极大强化了商标法的公法或日行政法性质，而弱化了商标法的私法性质。
实际上，作为知识产权法重要组成部分的商标法本质上是私法。在发动主体上，商标行政管理机构一直是最主要的主体，这就弱化了与注册商标最有利害关系的主体的申请发动权，也大大增加了商标行政管理机关的工作量，降低了工作效率;最后，在法律实施和运行成本方面进行考量，由于没有注册商标可撤销制度的缓冲，大量的注册商标被宣告无效，从而加大了政府机关的行政成本、浪费了社会资源，最终不利于市场经济的发展。
