中药品种保护制度的实施，很大程度上解决了中药生产品种的低水平重复问题，改善企业间的无序竞争，一定程度上促进中药产业的现代化、集约化和规模化，造就了一批优秀的中成药品种和中药企业。但是，由于《条例》制定处于社会背景，中药品种保护制度是在我国传统的医药行政治理模式下建立的，许多先天不足已经初步表现出来，制度性缺陷和矛盾也引起医药知识产权界的关注。2001年《中华人民共和国药品治理法》实施后，《条例》也一直未予修订。本文认为，这些缺陷和矛盾恰恰集中于四个关键性、根本性问题之中——制度的宗旨和目的，保护对象与保护范围，权利性质与权利效力，中药品种保护与知识产权制度的冲突。这些问题也是《条例》修订时需要重点考虑的内容。
1制度的宗旨《条例》第l条规定：“为了提高中药品种的质量，保护中药生产企业的合法权益，促进中药事业的发展，制定本条例。”制度宗旨设计的合理性以及该宗旨的实效存在疑问。
1。1缺乏对创新技术的保护
《条例》是在1993年全国中药品种市场整顿工作的基础上建立起来的，根本的目的是规范中药流通市场、引导中药的有序生产、保护生产企业权益、规范中药品种的生产秩序，保护的范围是已经有国家标准的中药品种，而不必是技术创新的产品，保护的对象是中药生产企业对该品种的生产权。整个制度的指导思想设计没有以创新为中心，也没有竞争机制。
作为传统医药资源的核心和精髓，中药应当得到保护。但是，假如该保护制度不能促进中药品种的创新，仅仅停留在现有技术生产权利的分配，让拥有中药保护品种的企业一劳永逸，那么这种保护就如同是保护落后，就会阻碍医药经济的发展。因此，有人认为，一定要建立促进中药品种创新的保护新模式，建立具有淘汰机制的中药品种保护新模式，要以保护市场作为条件，促使生产企业在一定利益保障的基础上进一步投入研究开发，激励其不断推陈出新、开发新药[2]。
1。2违反公平原则
现有中医药文化资源和技术资源，是中国数千年民众聪明的结晶。虽然目前关于传统文化的知识产权归属尚无定论，但可以肯定其应当属于某一民族或某一特定社区的民众共有，而不是根据行政机关的行政许可分配。作为民族文化遗产，中药品种的生产权属于所有符合法定条件的中国药品生产企业，而不是被个别生产厂家所垄断。《条例》保护了一些药品生产企业的合法权益，却忽略了其他符合药品注册审批条件的生产企业利益。获得品种保护的药品生产企业通过长期独占生产权，对公有领域的知识成果进行利用，获得了巨大的商业利益;但对于未获得品种保护的其它企业，却要撤销该中药品种的批准文号，明显违反市场经济的公平原则，有失公平。同时，《条例》与《反不正当竞争法》存在冲突，有政府利用行政权力限制竞争，损害其它经营者利益及社会公众的利益的嫌疑。这种限制竞争实质上是一种在我国比较普遍的行政垄断。在1993年全国中药品种市场整顿的大背景下，这种行政行为可能具有一定的合理性，但在市场经济充分发展、行政权力受到相对权利约束、行政法治理念已得到广泛认可的今天，其正当性值得怀疑。当然，限制竞争的危害比普通不正当竞争行为更为严重。个别企业的获得“中药保护品种”这把保护伞之后，缺乏竞争对手，缺乏创新动力，缺乏淘汰机制，极有可能抬高价格却高枕无忧。
