知识产权海关保护，指海关依法禁止侵犯知识产权的货物进出口的措施。在世界贸易组织《与贸易有关的知识产权协议》(Agreementon Trade-Related Aspectsof Intellectual Property Rights—TRIPS)中被称为知识产权的边境措施(Border measures)。
根据中华人民共和国国务院颁布的《中华人民共和国知识产权海关保护条例》第二条的规定，我国海关保护的知识产权应当是与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权。此外，根据《奥林匹克标志保护条例》和《世界世界博览会标志保护条例》的规定，我国海关也应当对奥林匹克标志和世界博览会标志实施保护。
中国海关对知识产权的保护可以划分为“依申请保护”和“依职权保护”两种模式：
依申请保护，是指知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口时，根据《知识产权海关保护条例》第十二、十三和十四条的规定向海关提出采取保护措施的申请，由海关对侵权嫌疑货物实施扣留的措施。由于海关对依申请扣留的侵权嫌疑货物不进行调查，知识产权权利人需要就有关侵权纠纷向人民法院起诉，所以依申请保护也被称作海关对知识产权的“被动保护”模式。
依职权保护，是指海关在监管过程中发现进出口货物有侵犯在海关总署备案的知识产权的嫌疑时，根据《知识产权海关保护条例》第十六条的规定，主动中止货物的通关程序并通知有关知识产权权利人，并根据知识产权权利人的申请对侵权嫌疑货物实施扣留的措施(“依职权”一词源于《与贸易有关的知识产权协议》中的ex-officio)。由于海关依职权扣留侵权嫌疑货物属于主动采取制止侵权货物进出口，而且海关还有权对货物的侵权状况进行调查和对有关当事人进行处罚，所以依职权保护也被称作海关对知识产权的“主动保护”模式。
知识产权权利人向海关申请采取依职权保护措施前，应当按照《知识产权海关保护条例》第七条的规定，将其知识产权及其他有关情况向海关总署进行备案。
受理知识产权备案申请的部门是：海关总署政策法规司知识产权保护处。
