知识产权纠纷的处理原则，是指贯穿于解决知识产权纠纷始终的，进行解决纠纷活动必须遵守的基本行为准则。它是解决知识产权纠纷的基本原理和基本规则，对纠纷当事人具有根本性的约束力，对解决纠纷具有指导性作用。它有助于深刻领会解决纠纷过程中各种解决途径、解决程序的精神实质，公正、及时地解决各种纠纷，保证纠纷的解决结果能被切;地履行。
一、以事实为根据，以法律为准绳的原则
解决知识产权纠纷，必须以事实为根据，以法律为准绳，这既是解决纠纷整个活动的出发点，又是其归宿。这一原则充分体现了实事求是的思想路线和社会主义法制的要求，是解决知识产权纠纷最基本、最核心的原则。
以事实为根据，就是要实事求是，一切从实际出发，全面客观地认定事实，忠于事实的真相。这也是以法律为准绳，正确适用法律的前提条件。要做到以事实为依据，就必须深入调查研究，全面、客观地收集证据，充分听取各方当事人的陈述以及证人的证言，鉴定人的鉴定意见，防止主观片面和偏听偏信，对收集到的证据要仔细分析研究，去粗存精，去伪存真，切实弄清纠纷发生的时间、地点、原因、后果和因果关系等实情，使纠纷事实在证据的基础上得以“再现”，从而找出纠纷的内在联系和本来面目。
以法律为准绳，是指在查明事实的基础上，准确地适用法律，辨明是非，明确责任，制裁违法行为，保护合法权益，切实做到有法必依、执法必严、违法必究。作为准绳的法律，既包括实体法，又包括程序法。以实体法作为解决纠纷的依据，这毋庸多言，而对于程序法，我国却有“重实体，轻程序”之误区，其实，程序法是实体法正确贯彻实施的保证，“没有程序公正，实体法的公正性就不能实现”。遵守程序法是以法律为准绳的应有之义。遵守程序法，不仅指当事人和裁判机构必须按法定步骤和过程进行活动，更重要的是要保障当事人能够平等地行使程序法中的权利，当事人表述的意见能够得到充分的尊重。唯其如此，裁判结果才具有公正性和说服力。
二、当事人在适用法律上一律平等的原则
当事人在适用法律上一律平等，是我国宪法所确立的“中华人民共和国公民在法律面前一律平等”的原则在解决知识产权纠纷中的具体体现。其基本含义是指：任何当事人在法律上的正当权利和合法利益都平等地受我国法律保护，任何当事人违法犯罪都应受到平等的追究和法律制裁。不论当事人职业、社会地位、财产状况等有何差别，不论其是公民、法人，还是其他非法人组织，在适用法律上一律平等，不容许当事人有任何法外特权，不容许因人而异，不论是中国当事人还是外国当事人，除受对等原则限制外，在适用法律上也一律平等。任何当事人就同一性质的纠纷寻求解决时，均应享有相同的实体法和程序法上的权利，只要纠纷事实相同或相近，就应当得到相同或类似的法律后果。《民事诉讼法》第8条和《行政诉讼法》第9条，就是这一原则的体现。尤需指出的是，平等不是对等，在行政诉讼中，行政机关的诉讼权利受到更多的限制，与行政相对人的诉讼权利不对等。但这并不意味着不平等，相反，这恰恰是实现平等的必要途径。它与行政关系中行政机关的主导、支配地位及其享有的较多权利相平衡。
三、兼顾公平合理的原则
由于知识产权纠纷的复杂性，由于科技迅速发展等原因导致的知识产权立法滞后，以及成文法本身的局限性，以公平为价值取向的法律却不一定带来公平。例如1985年开放技术市场以后的一段时间，由于当时错误地认为知识产权不是一项财产权，立法落后于改革实践，给许多技术人员造成冤案错案。如何解决这一矛盾，有的学者提出要以政策为依据来弥补法律之不足。③但我们认为，政策虽然常常是立法的先导，对立法具有指导作用，但仍不宜以政策作为解决纠纷的依据。如果政策“上升”为法律，自然能作为解决纠纷的依据，而此时政策已表现为法律，不能再提以政策为依据;而没有“上升，，为法律的政策，在充分重视以法的形式反映政策的今天，往往是尚不完善或缺乏必要的宏观性，而且政策及时、灵活，因而也多变，不具稳定性，故不宜将之作为普遍意义上的解决纠纷的依据。这也是社会主义市场经济和法治社会的要求。
要解决法律与公平之间的矛盾，就要借助于兼顾公平合理的原则，这并非空穴来风。以仲裁为例。仲裁有依法仲裁和友好仲裁之分，“所谓友好仲裁，是指仲裁庭经双方当事人授权，在认为适用严格的法律规则会导致不公平结果的情况下，不依据严格的法律规则，而是依据它所认为的公平标准作出对双方当事人都有约束力的裁决。目前，大陆法系国家普遍承认了友好仲裁，英美法系国家和地区在这个问题上也由过去的不承认变得有些松动。国际上拟定的适用于国际商事的仲裁规定多数都认可了友好仲裁。”这表明国际上把公平合理作为解决纠纷的依据之一。应当说，我国仲裁也考虑到了兼顾公平合理原则，例如，《中国国际经济贸易仲裁委员会仲裁规则》第53条规定：仲裁庭应当“依照法律和合同规定，参照国际惯例，并遵循公平合理原则，独立公正地作出裁决”。《仲裁法》第4条也规定：仲裁应当“符合法律规定，公平合理地解决纠纷”。这对于知识产权纠纷的其他解决方式，尤其是协商和调解，无疑也很有借鉴意义，即使在更为严格地要求忠于法律的诉讼中，也有直接适用法律原则(如诚实信用原则)以实现公平合理的呼声。对于兼顾公平合理原则的适用，应立足于法律的基本原则和立法精神，并明确规定其适用范围及在程序上的具体要求，使人们在解决纠纷时既有一定的灵活性，又不至于徇私枉法，既能严格依法实现对知识产权的保护，又能在显失公平的个案或特殊情形下兼顾公平合理，真正实现对公平价值的追求。
在处理知识产权纠纷的时候有三个原则需要遵守，即兼顾公平合理原则、当事人在适用法律上一律平等的原则以及以事实为根据，以法律为准绳的原则，只有认真执行这三个原则，那么在处理知识产权纠纷的时候才会比较得心应手，做到公平公正，并且能够及时的处理完结纠纷。
