第二审程序基于当事人行使上诉权而发生，而第一审程序是基于原告行使起诉权而发生。
一审中的原、被告地位是固定的，有资格限制，提起诉讼并引起第一审程序的原告，即是行政对方的公民、法人或者其他组织;而二审中当事人的诉讼地位并不固定，没有资格限制，原审中的原告、被告、第三人，既可以充当上诉人、也可以充当被上诉人。
一审法院审查的对象是被告作出的具体行政行为是否合法，仅对所争议的具体行政行为合法性和相关的行政法律关系进行审查;而二审法院审查的范围除此以外，其直接审查对象还包括一审裁判是否正确，即二审程序中的审查是对具体行政行为和一审裁判的双重性审查。
一审法院审理行政案件，一律实行开庭审理，包括公开和不公开开庭审理;二审中，人民法院除应采取开庭审理方式外，认为事实清楚的，可以实行书面审理。
一审判决针对具体行政行为的质量，可以作出维持判决、驳回诉讼请求判决、撤销判决、确认判决、限期履行法定职责和变更判决等;二审判决则限于维持原判、依法改判两种，并可裁定撤销原判，发回原审法院重审。
《行政诉讼法》规定，人民法院审理上诉案件，应当在收到上诉状起两个月内作出终审判决。这就是说，二审的审理期限比一审期限少1个月。
归根到底，由于审判依据和审判任务的不同，两者在性质上有区别：人民法院第一审程序的审判依据是对行政案件的一审管辖权，其性质是对具体行政行为合法性的审查;人民法院第二审程序的审判依据是上一级人民法院对下一级人民法院的审判监督权，其性质是对第一审裁判合法性的审查，是将行政机关与行政相对方的特定争议最终予以解决。
《民事诉讼法》第１０条规定，人民法院审理民事案件，依照法律规定实行二审终审制度。所谓二审终审制度是指某一案件经过二级人民法院审判后即告终结的制度。
法院审判案件，就审判程序而言是二审终审制，就法院体系而言是四级二审制。二审终审制，就是一起案件经过二级法院审判终结审判的制度。也就是说，地方各级法院对于按照审判管辖 权的规定对由它审判的第一审（初审）案件做出判决或裁定以后，若当事人不服，可以在法定期限内向上一级法院提起上诉；若同级的检察院不服，可以在法定期限内向上一级法院提起抗诉。上一级法院有权受理针对下一级法院第一审判决或裁定不服的上诉或抗诉，有权经过对第二审案件的审理，改变或维持第一审法院的判决或裁定。这时，上级法院的第二审判决、裁定，就是终审判决、裁定，当事人不得上诉。审级制度的实质是要求审判必须按审判程序严格进行，不得越级审理案件。
为了保障法院裁判的公正，使已发生法律效力但有错误的判决、裁定、调解协议得以纠正，于是在我国“二审终审制”之外设立了一个独立的审判程序，即审判监督程序。它不是每一个案件的必经程序，是有别于一审、二审的一个具有补救性质的纠错程序。 在制度设计上，审判监督程序的设置并不违背二审终审制，正如有些学者所讲，它的设置具有积极意义，通过不断完善再审程序，可以反向性地促使一审和二审程序公正度的提升，以期通过其自身功能的强化达到最终消灭再审程序的目的。
审判监督程序所审理的案件，不仅包括人民法院和人民检察院基于审判监督权启动再审程序的案件，也包括基于当事人申请再审，人民法院审查后启动的再审案件（当事人申请是引起再审程序启动的一个重要途径，但当事人没有启动再审程序的权利）。该程序的设置是法律赋予当事人维护权利的最后一道司法防线，是一种特殊的事后纠错和救济程序。
不同的启动再审的部门也反映了当事人有不同的申诉救济途径，当事人不仅仅可以到中级人民法院反映诉求，也可以到省高院、检察院进行申诉。但这并不违反二审终审。
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