对于超期羁押，法律虽未明确其属性，但显然属于违法。司法实践中，超期羁押的危害具有一定的隐蔽性：被超期羁押者大部分被判有罪，审前羁押的期间抵入刑期，于是从结果看似乎对被告人没有造成多大的损失，但本质上也是一种不合法行为。对于因错误逮捕而后被超期羁押者来说，其损失的主要原因应属错误逮捕，而非超期羁押，更是一种非法羁押。笔者认为，超期羁押有着明显的危害：
(1)侵害了被羁押人的自由和权利。羁押是剥夺人身自由的一项严厉措施，对于多数被长期羁押而又得不到处理的犯罪嫌疑人来说，无论最终是否有罪，羁押环境很可能对其身心健康造成极大伤害，尤其是心理上的影响尤为严重。对于最终被判决无罪的犯罪嫌疑人来说，超期羁押无疑就是对其合法权益非常严重的侵害，这种侵害的严重性往往不是简单的国家赔偿所能弥补的。对于最终判决有罪的犯罪嫌疑人来说，虽然法律上规定可以将羁押期限折抵刑期，但实践中也不是所有的情况下都能折抵。如果所犯罪行较轻，但羁押的期限超出了应判处的刑期，尽管可能处刑时会提高刑期以避免国家赔偿，但无疑违反了罪行相适应原则，加重了对被超期羁押被告人的刑罚，对他们的人权侵害是显而易见的;如果超期羁押的时间超过被羁押人实际判处的刑期，这样就更人为地加重了被羁押人的刑罚;被判处缓刑的罪犯，如果缓刑考查期内能够遵守有关规定，不必再服实刑，则羁押期限亦不能被折抵为刑期。长期的羁押期限不能被折抵，这也明显违背了罪刑相适应的原则。
(2)影响了诉讼公正和效率。诉讼公正包括程序公正和实体公正,程序公正是保证实体公正的前提和必然要求。超期羁押不仅损害了程序公正,也直接影响到实体公正的实现。犯罪嫌疑人被长期羁押后，很大程度上会导致被判决有罪的不利后果。据一些长期从事司法工作的人讲，在我国司法实践中有这样一个 “规律”：十拘九捕，十捕九判。这就造成一种观念，犯罪嫌疑人如果被长期羁押，那么他已经远远超出了“嫌疑”的概念，简直就可以说是“准罪犯”了，就差一纸判决书。这种观念也会影响到检察官和法官，产生先入为主的主观判断，不利于公正判案。虽然超期羁押与刑讯逼供之间并不存在必然联系，但从实践来看，刑讯逼供往往伴随着超期羁押。而且，超期羁押，尤其是长期的超期羁押，本身就是一种对人身的折磨，有些侦察人员就是利用长期羁押或以长期羁押相威胁来逼供犯罪嫌疑人。超期羁押无论是在诉讼的哪个环节造成，都将严重影响诉讼效率，使案件久拖不决，导致国家司法资源的浪费和诉讼效率的降低。同时，“迟到的正义是非正义”，一个人被无辜关押数年后得到的无罪结论有什么意义。如果公安司法机关把羁押作为侦、办案件的纯粹工具和手段，认为羁押犯罪嫌疑人、被告人是正常的，不羁押就影响到对犯罪的追诉，这毫无疑问会增长司法人员的惰性，降低责任心，使司法机关打击、惩治犯罪的能力得不到有效提高。
(3)损害了司法机关的权威和形象。司法机关代表国家对犯罪进行追诉和审判，为实现司法的公正和权威，侦查机关、检察机关、审判机关必须在现行法律框架内行使权力以维护法律的尊严和公正执法的形象。严格遵照法定程序是实现刑事诉讼价值的重要保障，法定程序下的羁押期限是公权力“合法侵犯”公民自由的最大限度，如果超过法定期限继续羁押就是公然违背法律规定，就是滥用权力侵犯公民权利，就是将自身置于法律之上的专制行为。以超期羁押这种违法方式去追究犯罪，其危害甚于犯罪,这样只能破坏法律、摧毁法治，败坏司法机关的权威和形象。
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