根据刑事诉讼法的规定，侦查终结的案件，应当根据案件的不同情况，分别作出移送审查起诉或者撤销案件的处理决定。
公安机关侦查的案件，侦查终结后，对于犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的案件，应当制作《起诉意见书》，连同案卷材料、证据，一并移送同级人民检察院审查决定。对于犯罪情节轻微，依法不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，公安机关应制作《不起诉意见书》，移送人民检察院审查起诉。另《刑事诉讼法》第130条规定：在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。其中不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，是指查明本案不存在犯罪事实或者犯罪嫌疑人的行为符合《刑事诉讼法》第15条的规定。侦查机关经过侦查，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任时，也应当及时终结侦查，作出撤销案件的决定，并制作《撤销案件决定书》。犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，并发给释放证明，同时通知原批准的人民检察院。
在实践中，对依法经过侦查，在法定期限内仍未能查清案件事实，定罪证据缺乏的案件，应根据疑罪从无原则，对犯罪嫌疑人应当加以释放并解除其犯罪嫌疑人的地位。虽然这样，并不意味着案件的撤销，如果犯罪事实确已发生，案件就不应撤销，应当继续侦查下去。
