指定管辖，是指上级人民法院以裁定方式，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。指定管辖的实质，是法律赋予上级人民法院在特殊情况下有权变更和确定案件管辖法院，以适应审判实践的需要，保证案件及时正确地裁判。行政诉讼的指定管辖，是指上级法院以指定行为将行政案件交由下级法院管辖的制度，即我国《行政诉讼法》第22条规定的两种情况：
一、由于特殊原因，致使有管辖权的法院不能行使管辖权的
在这里，管辖权的归属并没有疑问与纠纷，只是这种明确的管辖权由于以下特殊原因不能行使：1、事实原因。自于自然灾害、战争、意外事故等不可抗拒的客观事实，使该法院实际不能行使职权;2、法律原因。由于某些事实的出现符合法律规定，从而使有管辖权的法院在法律上不能审理或继续审理本案。如当事人申请回避，或法院订立规则，属本院工作人员为当事人的案件，本院不宜审理等。
二、由于法院之间对管辖权发生争议
下级法院之间如果就特定行政案件的管辖权发生争议，应当互相协商，如果协商不成，可报请它们共同的上一级法院，由该上一级法院以指定形式解决管辖冲突或争议。从实践来看，主要有这样一些情况：一是积极冲突，即两个以上法院都以为自己拥有对本案的管辖权;二是消极冲突，即两个以上法院均以为自己对本案无管辖权，应由对方法院受理。
法律规定，法院之间发生管辖权冲突或争议时，其处理程序是：先由争议法院互相协商，如果协商不成，则由争议的法院各自上报它们共同的上一级法院，也有争议法院单一上报的。上报应各自行文，陈述自己的理由。如果是涉及跨省、区的两个法院之间的争议，且协商不成的，则各自上报所在省高级人民法院，由高级人民法院上报最高人民法院予以指定。上级法院接到报告呈文后，应进行审查，并及时地作出指定管辖的决定，并以法院公函形式下达。
指定管辖，就是通过指定行为而确定的管辖。因此，这种指定行为具有以下特点：1、指定的对象须是特定的，即具体、明确地指定，该行政案件应由哪一个法院管辖，不可以含糊不清，或进行类别指定，没有诸如再行协商之类的间接过程。2、指定行为的内容为特定的行政案件。一般都是下级法院所呈报的那个案件。在实践中，有时有上级法院将某类案件规定由下级法院受理审判的情况，甚至文字也称之为“指定”。如1985年3月27日，最高人民法院行文，指定重庆市中级人民法院办理部分专利权纠纷案件即是。但是，笔者认为，这并不属于我国《行政诉讼法》第22条所规定的指定管辖。3、指定行为在法律上有确定无移的效力。即无论上级法院是以肯定方式还是否定方式行文批复下级法院的请示，一经指定，管辖法院即被确定，而被指定法院无权另行指定，或转移案件。
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