1、有违刑事诉讼法和刑事诉讼规则关于级别管辖的诉讼原理，致使诉讼关系发生混乱。
众所周知，逮捕是刑事诉讼中一个相当重要的环节，省级以下职务犯罪案件逮捕权上移至上一级人民检察院，无疑将一个职务犯罪案件原先完好的诉讼关系打乱，出现一个职务犯罪案件由基层检察院侦查、上一级检察院批捕、基层检察院起诉的局面。
很显然，违反了《人民检察院刑事诉讼规则》第十三条关于级别管辖的规定，“人民检察院对直接受理的案件实行分级立案侦查的制度。分、州、市人民检察院侦查本辖区的重大犯罪案件，基层人民检察院立案侦查本辖区的犯罪案件”，诉讼规则规定的是一般情况下由各检察院分级管辖，虽然第十四条规定，“上级人民检察院在必要的时候，可以直接侦查或组织、指挥、参与侦查下级人民检察院管辖的案件 ，也可以将本院管辖的案件交由下级人民检察院侦查；下级人民检察院认为案情重大、复杂、需要由上级人民检察院侦查的案件，可以请求移送上级人民检察院侦查”，但是该第十四条指的是案件的整体全部上移（全部上移不会出现诉讼关系的混乱），而不是只是像此次改革中所指的只是移其中逮捕一个环节，故此易使以往本身很稳定的关系被打乱。
2、在错案赔偿责任方面难以界定。
我国《国家赔偿法》第十九条规定，“对没有犯罪事实的人错误逮捕的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。二审改判无罪的，作出一审判决的人民法院和作出逮捕决定的机关为共同赔偿义务机关”。可见，在我国刑事诉讼活动中，逮捕的意义非同寻常，直接关系着人是否被羁押的一项重要人权，这次职务犯罪逮捕权上提一级从完善自我监督来说，确实有着更为实质性的进步，但是如果在运行中发生了逮捕，那么责任由谁来承担。有权必有责，现在改革只是从良性方面来说的，对责任承担还没有及时予以相应的及时明确，对此，笔者认为，应遵从“谁是权力主体谁担责任”的法理，应规定，当发生错案时，应该将赔偿责任主体定为基层院的上一级检察院。
3、上级院的调控能力丧失，对不捕决定不服的案件缺少异议沟通机制。
江苏省检察机关侦查监督办案工作流程第七十条规定，侦查机关可以对本院侦查监督科的不批捕决定，可以提出复议，对复议决定不服的可以向上一级检察机关进行复核，……可见,在原来体制下,上级检察机关对基层检察院的审查逮捕活动可以进行必要的监督,包括在侦查机关不服复议决定时,可以向上一级检察机关提出复核,上级检察机关可以进行”作出是否变更的决定,签发《复核决定书、通知书》，通知下级人民检察院和侦查机关执行。必要时，上级人民检察院也可以直接作出批准逮捕决定，通知下级人民检察院送达侦查机关执行”，据此，原先上一级检察机关可以对基层检察机关的侦查部门与侦查监督部门进行协调，现在将逮捕权上提一级，作出逮捕决定的本身就是由上级检察机关来作出的，所以从逻辑上，原先的对下级部门的调控协调能力丧失，在执行中易出现，如果基层侦查部门不服上级的逮捕决定，那么应该采取何种的救济渠道？如果存在相应的救济渠道，那么上级院侦查监督部门应如何回应？
当前检察实务操作规则中没有明确的工作机制，从而致使在实际的操作过程中易出现下级院自侦部门的异议和主张得不到规范、有效的反馈和审查，最终可能影响职务犯罪案件的质量和发展。因此有必要在职务犯罪案件决定逮捕权上提一级正式实行之前或者同时推出加强上级院的调控能力----即职务犯罪案件不捕异议审查机制，下级院自侦部门认为上级院侦查监督部门不逮捕决定不当的，可向其提出复核；上级人院侦查监督部门应更换承办人员，对报捕案件进行复核，并将结果通知下级院自侦部门。下级院自侦部门认为复核结果不当的，可提起复议；上级人民检察院检察委员会对报捕案件讨论后形成复议决定，并将结果通知下级院。
4、在实际操作中，易使具有决策风险的案件难以批捕，制约良性的风险职务犯罪侦查。
?在职务犯罪侦查的实务中，由于贪污贿赂犯罪案件具有区别于一般刑事案件的独立性特征，存在极强的隐蔽性，其证据体系庞杂，证据种类多样，侦查取证难度较大，短时间内难以取足证据，尤其是在报捕前一般很难按照刑事诉讼法规定的逮捕条件将应有证据取全。但是，由于职务犯罪案件具有极强的发展性，突破空间极大，可以利用逮捕的后续侦查措施充分挖掘窝案串案，然而司法实践中的附条件逮捕局限于一般刑事案件，没有拓展适用至职务犯罪案件，无法全面发挥附条件逮捕的优势。
加之职务犯罪案件决定逮捕权上移以后，上一级检察院在证据标准上一般比基层要严格，因此在缺乏附条件逮捕机制，考核机制、办案风险、或者错案责任追究等综合因素的影响下，大量具有发展性的职务犯罪案件可能因为上级院侦查监督部门直接决定不予逮捕，从而丧失继续侦查取证以及深挖案件的良机。目前部分重特大刑事案件可以采取附条件逮捕措施，职务犯罪案件决定逮捕权上提一级后能否建构附条件逮捕机制，应当提上议事日程。如果不及时推出职务犯罪案件附条件逮捕措施的相关规定，决定逮捕权上提后具有决策风险的职务犯罪案件的拓展性将会进一步受到限制，不利于有效惩治腐败犯罪。
笔者认为，上级院侦查监督部门可以借鉴一般刑事案件的附条件逮捕制度，根据案件发展性的实际情况来决定是否附条件逮捕。具体可以设置以下几种附条件逮捕措施的适用情形：（1）贿赂案件中一方已作有罪供述、相对方具有重大犯罪嫌疑的；（2）贿赂案件中犯罪嫌疑人供述的金额虽然较小，但有证据表明继续侦查可能会取得重大进展的；（3）贪污挪用案件中犯罪嫌疑人已作有罪供述，但缺乏完整的书证、物证，或者尚未具有足够时间制作司法会计鉴定报告，后续侦查有条件予以齐备的；（4）渎职案件具体后果尚未出现但有重大发展可能的；（5）其他证据不足但有线索表明继续侦查可能会取得重大进展的案件。对于存在进一步收集、补充、完善证据的条件，自侦部门应在提请逮捕材料中明确侦查方案和计划供上级院侦查监督部门审查是否符合附条件逮捕的适用条件。[page]
5、在实际的执行中有的地方出现偏差，导致程序复杂，曲解改革的初衷。
按照该改革的规定，改革后，基层检察院的职务犯罪案件报捕要先经基层检察院的侦查监督部门审查，报本级院检察长或检察委员会审批后，再报上一级检察院审查决定，有的地方是直接任命基层检察院侦查监督科的检察官为本院派驻基层主办审查逮捕的检察人员，从而“有效地”解决因路途遥远、案件材料接转不变等问题造成的办案成本激增与办案时间吃紧问题，而且由于该任命的专门负责职务犯罪案件的审查逮捕的检察人员，专业化程度、办案效率较高，能够积极应对办案时间要求极高的审查逮捕工作压力……显然，程序上出现繁杂，既然改革，就应既要注重办案质量，又要兼顾提高办案效率，?在完善自我监督的改革初衷设计下，就应直接由基层检察院的侦查部门报送上一级检察院审查决定，而且在现实的实践中，各基层院也基本实现了系统互联与信息共享，报送案卷和讯问犯罪嫌疑人近程地可以直接予以进行，不会耽搁太多的办案时间；远程的现在也可以通过视频来进行，从而减少时间，……因此,实践中目前有技术支撑,应直接报送上一级检察院,只有这样才能使得真正由上级检察院来对逮捕予以把关，从而真实地保证职务犯罪案件的质量，相反，如果之中再穿插基层检察院侦查监督部门，那么就会使得改革趋于形势化和表面化，不能起到其应有的作用。
