一、为维护国家海域管辖权，作为执行法定职权之准据，特订定本规范。
二、本规范适用范围为我国内水、领海、邻接区、专属经济海域、大陆礁层与公海上得行使管辖之事项及台湾地区限制、禁止水域。
三、海岸巡防机关人员(以下简称海巡人员)执行职权时，应注意下列管辖权之事项：
(一)对于本国船舶应基于船籍国管辖原则，行使管辖权。在本国船舶内犯罪者，以在我国领域内犯罪论。
(二)对于外国船舶之管辖，应特别注意国际惯例或相关国际法之规定。
(三)对于大陆船舶之管辖，依台湾地区与大陆地区人民关系条例之规定处理。
(四)对于犯罪行为之侦查，应分别依领域管辖原则、国籍原则、被害人国籍原则、保护原则及普遍原则，行使管辖权。
四、各单位受理报案、发现犯罪嫌疑或其它危害情事时，不论其为特殊、重大或普通案件，均应立即反应，逐级报告各有关单位，报告时机如下：
(一)发现或发生之初。
(二)重要变化或重要阶段告一段落时。
(三)结案时。
五、案件由辖区海巡队负责处理。
在领域外之本国船舰上犯罪者，船舰本籍地或犯罪后停泊地之海巡队，亦有管辖权。
各海巡队受理非属其管辖案件，应为必要处置，并迅即通报移转辖区海巡队处理。
上级机关对于具体案件，得以命令指定管辖或移转管辖。
辖区境界不明或对于辖区之争议，由共同直接上级机关解决之。
六、遇有涉外或重大之案件，应依紧急应变小组及勤务指挥中心重大案件通报作业程序办理。
七、各单位获悉他辖区发生重大海域事故或因侦查案件之需要，应相互主动协调联系，提供必要协助，以发挥整体功能。
八、海巡人员执行职务，应依规定穿著制服或出示证明文件，并随时以照相、录音、录像或其它搜证方式，保全相关事证，以为移送主管机关查处之依据。
有关笔录制作要领，应依本署所订定之「办理偷渡、走私、非法捕鱼、毒品等刑事案件侦查询问要领汇编」与「司法警察机关办理刑事案件侦查询问要领汇编」及相关规定办理。
九、海巡人员依法执行职务遇反抗或攻击，必要时，得采下列措施：
(一)舰、艇、船长或带队官应即下达并完成警戒部署，注意维护人员及装备安全。
(二)应与被检船舶保持距离以雷达监控，同时全程录像照相存证，并依规定通报反应。
(三)对于反抗或攻击行为，应以视听音响设备实施警告制止，必要时得使用船上消防泵以强力水柱或对空呜枪示警，制止继续反抗或攻击行为。
(四)采行前款措施仍无法压制时，可适当使用必要武力及申请后援，适法执行。
十、领海基线向陆一面的水域构成国家内水的一部分。
十一、内水中外国军舰或公务船舶内之犯罪，不论其犯罪行为对于本国有无影响，管辖权属于船籍国。
行为人在本国境内实施犯罪逃至外国军舰或公务船舶者，应向该舰或船长请求引渡，在尚未得到许可前，不得强行登临船舶逮捕罪犯。
十二、领海为自领海基线起至其外侧十二浬间之海域。
邻接区为邻接其领海外侧至距离领海基线二十四浬间之海域。
十三、外国船舶驶离内水通过领海，如有损害我国海域之利益及危害海域秩序行为或影响安全之虞者，得进行紧追、登临、检查、驱离;必要时，得予扣留、扣押、逮捕或留置。
十四、外国船舶在不损害我国之和平、良好秩序或安全，应以连续不停迅速行进之方式无害通过我国领海。但必要时得以下列目的为限停船和下锚：
(一)通常航行所附带发生的。
(二)由于不可抗力或遇难所必要的。
(三)为救助遇险或遭难的人员、船舶或航空器所为的。
十五、外国船舶通过领海，有下列非属无害通过情形者，得为必要之处置︰
(一)对我国主权或领土完整进行武力威胁或使用武力。
(二)以武器进行操练或演习。
(三)搜集情报，使我国防务或安全有受损害之虞者。
(四)影响我国防务或安全之宣传行为。
(五)起落各种飞行器或接载航行装备。
(六)发射、降落或接载军事装置。
(七)装卸或上下违反我国海关、财政、贸易、检验、移民、卫生或环保法令之商品、货币或人员。
(八)严重之污染行为。
(九)捕捞生物之活动。
(十)进行研究或测量活动。
(十一)干扰我国通讯系统或其它设施或设备之行为。
(十二)与无害通过无直接关系之其它活动。
对于非属无害通过之船舶，可采取必要的步骤加以防止。
十六、航行于领海之外国船舶违反我国法令时，得依法取缔并移送主管机关处罚之。但对于无害通过之外国船舶上之犯罪，除下列情形外，不得行使刑事管辖权：
(一)犯罪行为的后果及于我国。
(二)犯罪行为属于扰乱我国安宁或领海的良好秩序之性质。
(三)经船长或船旗国外交代表或领事官员请求我国予以协助。
(四)该措施是取缔违法贩运麻醉药品或精神调理物质所必要的。
依前项行使刑事管辖权时，如经船长请求，在采取任何措施前，应通知船旗国的外交代表或领事官员，并应使该人员和船上的人员接触。遇有紧急情况，发出此项通知可与采取措施同时进行。
十七、外国军用或公务船舶通过我国领海应先行告知外交部。
外国军舰或公务船舶，不遵守我国领海法规且不理会我国向其提出遵守法规要求者，得要求其立即驶离领海，并通报国防部查处。
外国潜水艇或其它潜水器，于通过我国领海时，应在海面上航行，并展示其船籍旗帜。
十八、对于通过我国领海之外国核动力船舶、载运核物质或其它有害物质之船舶检查时，应查明是否备有国际协议认可之证书及经行政院原子能委员会或行政院环境保护署之许可文件。
发现未经前项主管机关许可或有违反许可内容相关事项之虞者，应将发现之相关资料记载于航行日志内，并要求停船，进行登临、检查，以进一步搜集证据或排除可能违法之疑虑。
检查之项目除应持有国际协议认可之证书外，并应查核是否违反下列事项：
(一)船名、国籍。
(二)核动力反应炉功率及所用核子燃料或载运核物质之名称、持有人、数量、总活度、包装方式及运送总指数及有害物质名称、种类、数量。[page]
(三)航行路线与预定时间。
