刑法上的追诉时效，是指司法机关依法追究犯罪人刑事责任的有效期限。在法定期限内，司法机关有权追究犯罪人的刑事责任，超过法定期限，除法定的特别情况外，不得再追究犯罪人的刑事责任。根据我国刑法第87条的规定，法定最高刑为不满5年有期徒刑的，经过5年不再追诉。医疗事故罪的法定最高刑为3年有期徒刑，故其追诉时效的期限应为5年。
刑法第89条的1款规定：“追诉期限从犯罪之日起 计算 。” 理论 上一般认为，这里的“犯罪之日”，是指犯罪成立之日，医疗事故罪属于结果犯，以实际结果的发生为犯罪的必要要件，所以其犯罪成立之日，应理解为犯罪结果发生之日，对于多数医疗事故案件而言，医疗过失行为实施之后，危害结果很快就会出现，如错用药物使患者过敏性休克死亡、手术切错部位等。但也有一些案件，医疗过失行为的实施同危害结果的发生并不是同步的，而中间有一个较长的间隔时间。例如，有的患者在接受放射 治疗 时，由于医务人员的疏忽，以至受超剂量的放射线照射，数年后死亡;还有的患者在医院感染上某种疾病、久治不愈，最终死亡。对这些案件，要特别注意追诉时效期限的确立，应从不良结果发生之日起算。
在有的医疗事故案件中，医疗过失行为开始即给患者健康造成很大的损害，但在相当长的时间内，这种损害是否存在，其原因是什么，是否因医疗过失而引起，患者不一定知晓，甚至医院也可能一时无法确诊。对此，不能以医院最终确诊的时间作为结果发生之日，以此计算追诉时效期限的起点，原因明确之日同结果发生之日毕竟不是一个概念，此时仍应以事后查明的危害结果实际之日起算。例如朱克强医疗事故案。朱系湖北襄阳人，1973年，朱在某医院进行肠破缝合手术，出院后常有剧烈疼痛。1998年去医院检查，才知道右下腹有金属异物存留。原来，这是26年前那次手术中，因医务人员的疏忽留下。该案中，危害行为和危害结果实际上在26年前就已经发生了，只不过是在26年后才发生并查明。显然，该案已超过刑法规定的追诉时效，不能再追究当事医务人员的刑事责任。但受害人仍可以请求法院追究有关人员的民事责任，根据《民法通则》第136条第1款的规定：“身体受到伤害要求赔偿的诉讼时效为一年。”第137条又规定：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害身体健康的原因是医院的侵权行为，因此在此之后的一年内，他都可以提起民事赔偿诉讼，以主张自己的权利。
为了防止犯罪人钻时效制度的空子，并保障受害人的合法权利，刑法第88条还规定了两种时效延长制度。该条例第1款规定：“在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者在审判的，不受追诉期限的限制。”第2款又规定：“被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予以应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。”这两款规定，对于解决医疗事故案件的“立案难”问题，有着积极意义。
对于发生在1997年10月1日新刑法生效之前的医疗事故犯罪案件，如果在新刑法生效之后，仍未超过追诉期限的，仍可进行追诉，不过，根据我国刑法第12条所确立的从旧兼轻的刑法溯及力原则，应当适用新刑法进行处理。因为在新刑法颁行之前，对医疗事故犯罪大都按玩忽职守罪、重大责任事故罪或过失杀人罪处理，而新刑法专门规定的医疗事故罪，在法定刑方面远比上述犯罪为轻。
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