1、罪与非罪的界限
(1)强奸罪与通奸行为
在男女发生性行为前，既不违背妇女意志，又无勉强女方变范的行为，双方从内心到外部表现形式完全自愿，属典型的通奸行为。即使事后，因被揭穿，女方为保住自己的脸面而告男方强奸，或因女方事后反悔而告男方强奸，均不能定强奸罪。
(2)对“半推半就”的奸淫行为的认定
所谓半推半就，是指行为人与妇女发生性行为时，该妇女既有“就”的一面即同意的表现，又有“推”的一面即不同意的表现。应当全面审查男女双方的关系怎样，性行为发生的时间、地点、环境条件如何，行奸后妇女的态度如何，该妇女的道德品行、生活作风情况等等。如果查明 “就”是主要的，则属假推真就，不能视为违背妇女意志而以该罪治罪科刑。反之“推”是主要的，应认定为违背妇女意志，应当以强奸罪论处。
2、既遂与未遂的界限
中国司法实践中是以“插入”为认定标准的，即男子的生殖器插入到女子的体内为犯罪既遂。至于是否射精与既遂未遂无关。但有一个特例，如果强奸的是幼女，则以“接触”为认定标准，即男子的生殖器与幼女的生殖器接触就算犯罪既遂。
3、丈夫强奸妻子的司法认定
所谓婚内强奸，是指丈夫违背妻子意志以暴力、胁迫或者其他手段强行与之发生性关系的行为。婚内强奸这一现象在现实生活中并不陌生，法理上也一直存在着争议。中国刑法原则上将在法定婚姻关系存续期间丈夫违背妻子的意愿、强行发生性关系的行为排除在强奸之外，造成伤害后果或者有虐待等其他严重情节的，可以以其他罪如故意伤害罪、虐待罪等论处。中国婚姻法只有有关家庭暴力的规定，其中并没有涉及到婚内强奸的条文。
通说观点认为，由于有合法的夫妻关系的存在，一方有权利要求另一方履行性行为的义务(同居义务)，即使丈夫的行为对妻子的性自由权利有侵害也不构成犯罪。在中国无论是立法还是执法，一般都不把丈夫强迫妻子性交视为强奸犯罪。
4、“强奸”男性的司法认定
刑法对于强奸罪的对象仅仅限定在女性，并未将强行与男性发生性关系进行法律规范。根据法无规定不为罪的原则，“强奸”男性行为并不构成犯罪，当然也不构成强奸罪。假如行为人把男的误认为妇女而着手实行强奸，并且完成“强奸行为”，并不构成强奸罪。调查大多案例，法院判决大多是“故意伤害罪”。如果由于对象是男性而强奸不能的情况下，以强奸未遂定罪。视当时情况如果是故意轻伤，不存在犯罪未遂问题。重伤意图非常明显，且已经着手实行重伤行为，由于意志以外的原因未得逞的，应按故意重伤(未遂)论处。
5、认定强奸罪中的暴力、胁迫和其他手段：
“暴力手段”，是指犯罪分子直接对被害妇女采用殴打、捆绑、卡脖子、按倒等危害人身安全或者人身自由，使妇女不能抗拒的手段。
“胁迫手段”，是指犯罪分子对被害妇女威胁、恫吓，达到精神上的强制的手段。如：扬言行凶报复、揭发隐私、加害亲属等相威胁，利用迷信进行恐吓、欺骗，利用教养关系、从属关系、职权以及孤立无援的环境条件，进行挟制、迫害等，迫使妇女忍辱屈从，不敢抗拒。
有教养关系、从属关系和利用职权与妇女发生性行为的，不能都视为强奸。行为人利用其与被害妇女之间特定的关系，迫使就范，如养(生)父以虐待、克扣生活费迫使养(生)女容忍其奸淫的;或者行为人利用职权，乘人之危，奸淫妇女的，都构成强奸罪。行为人利用职权引诱女方，女方基于互相利用与之发生性行为的，不定为强奸罪。
其他手段，是指犯罪分子用暴力、胁迫以外的手段，使被害妇女无法抗拒。例如：利用妇女患重病、熟睡之机，进行奸淫;以醉酒、药物麻醉，以及利用或者假冒治病等等方法对妇女进行奸淫。
6、强奸与通奸的区别：
把强奸同通奸加以区别。要注意的是：
(1)有的妇女与人通奸，一旦翻脸，关系恶化，或者事情暴露后，怕丢面子，或者为推卸责任、嫁祸于人等情况，把通奸说成强奸的，不能定为强奸罪。
在办案中，对于所谓半推半就的问题，要对双方平时的关系如何，性行为是在什么环境和情况下发生的，事情发生后女方的态度怎样，又在什么情况下告发等等事实和情节，认真审查清楚，作全面的分析，不是确系违背妇女意志的，一般不宜按强奸罪论处。如果确系违背妇女意志的，以强奸罪惩处。
(2)第一次性行为违背妇女的意志，但事后并未告发，后来女方又多次自愿与该男子发生性行为的，一般不宜以强奸罪论处。
(3)犯罪分子强奸妇女后，对被害妇女实施精神上的威胁，迫使其继续忍辱屈从的，应以强奸罪论处。
(4)男女双方先是通奸，后来女方不愿继续通奸，而男方纠缠不休，并以暴力或以败坏名誉等进行胁迫，强行与女方发生性行为的，以强奸罪论处。
办理强奸案件要严格分清哪些罪与非罪、此罪与彼罪的界限，把强奸同未婚男女在恋爱过程中自愿发生的不正当性行为加以区别。
7、强奸罪与嫖宿幼女罪的区别：
强奸罪的非典型强奸行为即奸淫不满14周岁的幼女行为与嫖宿幼女罪的嫖宿幼女行为在客观方面均可表现为行为人与幼女发生性关系的行为，但性质却不相同，主要体现在：
(1)主体不同。前行为的主体为男子，具有刑事责任能力年满14周岁即可;后行为的主体为男子，具有刑事责任能力需年满16周岁才能构成其罪，也就是年满14周岁不满16周岁的人可以成为前行为的主体而构成强奸罪，但不能成为后行为的主体而构成嫖宿幼女罪。
(2)主观方面不同。前行为的主观方面表现为明知对方不满14周岁的幼女而对之奸淫;后行为的主观方面表现为明知对方是不满14周岁的幼女且为卖淫女而对之嫖宿。
(3) 行为方式不同。前行为方式表现为与非卖淫的幼女发生性关系的行为。此时，即使给了幼女一些财物，也不影响其奸淫幼女的性质;后行为的方式则为与卖淫幼女发生性关系，即该性交行为是基于男方承诺给卖淫幼女钱财为前提。后来，男性即使没有按承诺付给幼女钱财，对之也不能以奸淫幼女论。
(4)行为地点往往不同。奸淫幼女一般发生在家里、山上等不易让人发现的地方，具有隐秘性;后行为的地点一般发生在宾馆、歌厅、发廊等服务场所，常常有人知道其间的嫖宿、卖淫行为。
(5)行为对象不同。前行为的对象为非卖淫幼女;后行为的对象则为卖淫幼女。卖淫幼女，是通过自己与异性发生性关系的行为获取金钱、物质等利益的幼女，具有利益的趋动性。
(6)侵害的客体不同。前行为所侵害的客体为幼女的性自由权利及身心健康;后行为所侵害的客体则主要是社会管理秩序及道德风尚。行为人出于嫖宿幼女的意图，在幼女不同意卖淫时，采取暴力、胁迫或者其他手段强迫其卖淫，即为其提供性服务的，则同时触犯嫖宿幼女罪、强迫卖淫罪、强奸罪，属想象竞合，对之应择一重罪一般为强迫卖淫罪定罪处罚。
强奸犯罪与民事当中的通奸行为具有一定的相似之处，很多人会将强奸行为误认为是通奸，觉得这并不构成犯罪。为了纠正这样不正确的思维，我们应该加强对犯罪认定方面的知识，正确区分开这些类似的行为，才能对行为人以正确的处罚。
