强奸案件中的立案证据一般主要有以下几种：
1.被害人陈述。被害人所作的陈述，是证明强奸行为存在的直接证据。立案的条件需要有犯罪事实，被害人的陈述是证明犯罪事实存在的证据。
2.犯罪嫌疑人供述、辩解。立案的条件需要有犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人为直接主体，其证据较为直观。
3.发现场遗留的物证：如或可证明有性行为发生的场物品类证据，如 遗留有嫌疑人、受害人精斑、血迹、毛发或者体液混合物的避孕套、床单、被套、枕巾、枕套、纸巾等物品，这类物证一般需要结合鉴定结论予以印证。
4.受害人可能遭受暴力的物品类证据，如被撕扯破的衣物、衣扣等;遗留的刀具、棍棒等凶器等。
5.受害人可能遭受性侵害且遗留有加害人体液的内裤、衣服、卫生巾等物品。
6.现场遗留的饮料、水杯、针管、针剂或者酒瓶、酒杯中等其他物证。如在麻醉类强奸案件中，存在加害人在饮料中添加春药、麻醉剂的现象，此类物证也 需要结合鉴定结论等其他证据予以印证。
二、强奸罪立案的条件
(一)立案的事实条件，即有犯罪事实或犯罪嫌疑人
有犯罪事实，是指有被客观、真实的证据所证明的危害社会的犯罪行为的存在，包括犯罪的预备、实施、未遂、中止和既遂，但是，这不意味着证实犯罪的证据需要确实充分，但也不应是办案人员凭估计、猜测得出的结论。这里所指“有犯罪事实”，主要是指犯罪事件已经发生，即有犯罪的客体和客观要件;而对犯罪主体和犯罪主观方面的查明则不是立案的必要条件，而是立案后需要进一步查清的问题。因此，此时的证据并不要求达到充分的程度，也不要求一定要查获犯罪人，更不要求查明全部案件的事实和情节。
(二)立案的法律条件，即需要追究刑事责任立案追究的行为，必须是具有社会危害性和刑罚应罚性的行为，只有当这种犯罪事实确需追究行为人的刑事责任时，才予以立案。
强奸罪立案，首先要有犯罪事实，其次需要追究刑事责任。所需要的证据主要是为了证明有强奸行为的存在，违背了被害人的意志，行为人存在主观故意。
