当前的涉税案件司法程序存在两个问题，一是税务和公安都有立案权，二是税务立案稽查结束后税务机关可以同时做出行政处理和移送司法两个行政行为，并由此而可能引发行政、刑事两个司法程序并行的程序混乱。草案修改的偷税处理程序明确了税务行政处理在先，如果行政相对人接受税务处理处罚并属于初犯，就可以不启动刑事审判程序了。
纳税人可避免偷税罪的牢狱之难
现刑法二百零一条规定的偷税罪门槛儿很低， “偷税数额占应纳税额的百分之十以上不满百分之三十并且偷税数额在一万元以上不满十万元的，或者因偷税被税务机关给予二次行政处罚又偷税的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处偷税数额一倍以上五倍以下罚金”。而在草案中，“偷税”一词不仅被“逃避缴纳税款”所取代，而且偷税的定罪量刑标更为人性化。偷税犯罪与一般刑事犯罪的社会危害性毕竟不同，一般的刑事犯罪大多是积极地进行危害社会秩序和他人的生命财产安全，偷税犯罪仅仅是纳税人不愿履行法定的纳税义务，不愿意将自己的财产无偿缴给国家，因而采取隐瞒收入或者加大成本以减少应纳税额的手段。两者社会危害性显然不同，将偷税犯罪与一般刑事犯罪同等处理，显然是过重了。修改后的偷税定罪量刑标准，初犯且只要积极补缴税款和滞纳金并接受行政处罚，就可不再作为犯罪追究刑事责任，使纳税人可以选择，逃避了限制人身自由的牢狱之难，也达到了税法立法的本意，即保证国家税款及时入库。\\
扩大了税务稽查机关的行政权力
现行法律对稽查人员的“移送”是规定了严格的法律责任的，《税收征收管理法》第七十七条：“税务人员徇私舞弊对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交，情节严重的，依法追究刑事责任”。《行政处罚法》第六十一条也有同样的规定：“行政机关为牟取本单位私利，对应当依法移交司法机关追究刑事责任的不移交，以行政处罚代替刑罚，由上级行政机关或者有关部门责令纠正;徇私舞弊、包庇纵容对违法行为的，比照刑法第一百八十八条的规定追究刑事责任”，同时国家还在各级检察机关专门设置了税收执法检查室，代表国家对税务机关履行监督职责。
有这几把尚方宝剑，稽查人员深怕自己触犯法律，因此，只要发现纳税人的少缴税款数额达到了偷税罪的标准，立即及时移送司法机关。但是，偷逃税的情况很复杂，一是数额只是偷税犯罪构成的四个要件之一，还有其他构成要件应当考虑，如有的是故意，有的是对政策的理解有误，有的是税务机关管理不到位，有的是主体资格问题等;二是同样的偷税数额在不同时期对社会的危害程度也不同。如果不管三七二十一只按照一个数额标准就移送，且案件一到公安机关立即拘留嫌疑人限制人身自由，这对纳税人是不公平、不公正的。草案修改后的处理办法，给了税企双方充分的行政处理程序，这对税务机关公正办案，对纳税人为保护自身的合法权益充分的行使申辩、举证、听证，甚至行政复议、行政诉讼等权力提供了保障。
一定程度地解决了律师办理涉税违法案件难的问题
律师难，难在由于介入时间晚而造成的会见难、调查难、取证难。许多纳税人法律意识不强，不懂得如何保护自己的合法权益，被稽查后首先是热衷找熟人，岂不知稽查官头上还有尚方宝剑，首先需要自保，只能在似是而非的边缘处松一把，更不能像律师一样公然地为委托人辩解。根据《税务稽查工作规程》规定，稽查时要调取纳税人的账簿凭证等各种纳税资料，填写《税务稽查底稿》，稽查结束时将稽查结果和问题向被稽查对象说明，核对事实要求被稽查对象签字，税务内部审理后认为达到了移送标准，就制作《税务违法案件移送书》，将全部材料(包括被稽查对象的账簿凭证等)一同移送司法机关。司法机关接手后首先按照一般刑事案件的程序，对被稽查对象采取限制人身自由的强制措施，此时，被稽查对象才慌了手脚地聘请律师，律师此时也就会见难、调查难、取证难了。如果被稽查对象法律意识强，在开始收到《税务检查通知书》时，就应当聘请专业的税务律师咨询，在税务律师的指导下准备应对可能发生的各项法律风险，在稽查中请税务律师与稽查机关沟通，提交有利的证据、税法依据、税法解读、专家意见等，加上适当的和谐的税企关系，尽可能将案件了结在稽查结束时。即使案件移送到了司法机关，律师已经取得了第一手证据资料，为法庭辩护打下了坚实的基础。
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