由于刑法将挪用公款的具体用途作为犯罪构成要件，而且每种情况构成犯罪的要求不同，因而在追诉期限的计算上亦有差别，对追诉期限的计算是否合理直接影响到对行为人挪用行为的评价和正确定罪量刑。
关于挪用公款罪追诉期限问题，目前在理论上有不同的见解：一种意见认为，本罪实施的行为是“挪”和“用”的结合，在公款失去合法控制期间，挪用行为实际上也处于继续的状态，因而挪用公款罪属于继续犯(或称持续犯)，故挪用公款罪的追诉期限，应当从挪用案件被提起诉讼或行为人自动归还了公款之日起计算;另一种意见认为，公款被挪之后，犯罪行为已构成既遂，公款失去控制的状态，不是犯罪行为的继续，而是不法状态的继续，因此挪用公款罪属于行为犯，其追诉期限应从移挪之日起计算。实际上这两种观点的分歧之处在于挪用公款罪是继续犯还是行为犯。
继续犯，又叫持续犯，是指某种犯罪行为从开始到终止以前，在时间上一直处于继续状态的犯罪。其特点是：这种犯罪行为的过程，在一段时间或者相当长的时间里，从来没有间断。行为继续的长短，是量刑的一个重要情节。如刑法规定的非法拘禁罪，就属于这种犯罪。而行为犯，是犯罪既遂形态的一种，行为人只要实施了刑法分则规定的行为，不论犯罪结果是否发生，即构成犯罪既遂。如诬告陷害罪即为行为犯。
挪用公款罪的既遂，应根据其犯罪构成的不同情况来理解：(1)在行为人将挪用的公款用于营利活动或用于非法活动的情形下，只要行为人完成了“挪”和“用”的行为，则行为人的挪用犯罪就达既遂，即已构成挪用公款罪，处于继续状态的是挪用的公款使用权被侵犯的状态，而不是犯罪行为的继续。(2)在行为人将挪出的公款用于营利活动和非法活动以外的其它个人用途时，仅有“挪”和“用”的行为尚不能认为犯罪已达既遂，必须达到超过三个月才构成挪用公款罪既遂。三个月之后的继续状态同(1)一样，也是公款使用权被侵犯的持续状态，并非犯罪行为的继续，因为此时犯罪行为已经完成。依据上述分析，挪用公款罪为行为犯是显而易见的，在犯罪形态上也并非持续犯。
根据刑法第89条的规定“追诉期限从犯罪之日起计算;犯罪处于连续或继续状态的从犯罪行为终了之日起计算”。此处的“犯罪之日”，应为犯罪成立之日：“犯罪处于连续或继续状态”的“犯罪”，应指犯罪行为本身，而非犯罪行为造成的不法状态。挪用公款用于非法活动或营利活动情况下，一旦“挪”和 “用”的行为都已完成，就认为犯罪已构成既遂，所以，此时挪用公款罪的追诉期限应从“用”之时开始计算。行为人将挪出的公款用于非法活动和营利活动以外的其它用途时，一旦超过三个月，就构成犯罪既遂，此时犯罪行为才完成，因此追诉期限应自挪用公款满三个月之日起开始计算。
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