在刑事司法中，坚持罪刑法定，不仅意味着在犯罪的实体认定上必须依照刑法（即实体法）的明文规定行事，同样要求应当依据刑事诉讼法（即程序法）所确定的案件“流程”和证据认定规则去依法进行有步骤的确定，即罪刑法定原则不仅应包括实体认定上的法定，而且理应包括程序认定上的法定。因为任何程序上的违法，都必然导致实体法律适用上的不公正。这已是司法界认同的不争的事实。
例如，刑事自诉案件（严重危害社会秩序和国家利益的除外）属人民法院直接受理，公安机关不应越权立案侦查，人民检察院也不应提起公诉，刑事自诉案件属轻微的刑事犯罪，其社会危害性一般不是太严重，采取私力救济即可维护被害人的诉讼权利，但如果由公安机关立案侦查和人民检察院提起公诉，则不仅有悖于程序法定，而且由于公权力的参与，势必造成对被告人合法诉权的严重侵犯，特别是在侦查、公诉期间对被告人采取强制措施的，被告人由法律规定应当享有的在自诉诉讼过程中的权利，就更无法得到实现。因此，对自诉案件的侦查、公诉是一种违背刑诉法规定的行为，也违背了罪刑法定的刑法精神。
因此，笔者认为，对刑事自诉案件，公安机关除法律特别规定的外，不应越权行使立案侦查权，人民检察院在审查公诉案件中发现有刑事诉讼法第十五条第四项规定的依法告诉才处理的犯罪，应当作出不起诉决定。因为由于法律的特别规定，对刑事自诉案件，人民检察院没有诉权，控诉权人（被害人等）只能直接向人民法院起诉。
