人民法院审理自诉案件的程序有哪些特殊规定?自诉案件是指由被害人或者其法定代理人直接向人民法院指控被告人的犯罪行为，由人民法院直接受理的案件。自诉案件主要包括：必须由被害人或其法定代理人向法院直接控告被告人，法院才处理的案件。主要有侮辱、诽谤案件、暴力干涉婚姻自由案件、虐待案件等;被告人有证据证明的轻微刑事案件;被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当追究刑事责任，而公安机关或人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
人民法院审理自诉案件的程序与审理一般公诉案件的程序有所不同，主要是：
1.人民法院接到自诉案件以后，应当进行审查，区别案件情况予以处理：(1)对于犯罪事实清楚，有足够证据的案件，应当开庭审判，作出被告人有罪或者无罪的判决;(2)对于被害人指控被告人犯罪的证据不足或者没有证据的，应当让自诉人提出补充证据，自诉人提不出补充证据的，应当说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回自诉人的起诉。
2.人民法院受理自诉案件后，自诉人经法庭两次合法传唤，没有正当理由而故意拒不到庭的，或者在法庭审理中未经法庭许可中途退庭的，按照自诉人撤回起诉处理。
3.人民法院对自诉案件，可以进行调解;自诉人在宣告判决以前，可以同被告人自行和解或者撤回起诉。通过法院调解，自诉人同被告人和解或者自诉人与被告人自行和解或者自诉人撤回起诉的，法院就不再追究被告人的刑事责任。这也是自诉案件与公诉案件重要区别之一。这样规定是考虑到自诉案件有其自身特点，一般是很轻微的刑事案件，为减少争讼，有利于社会、家庭的安定作出这样的规定。
4.对于被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不追究被告人刑事责任的自诉案件，人民法院不能进行调解，应当依法予以处理。因为这类自诉案件是公安机关、检察机关没有履行职责，该管不管的案件，而且其中有些案件从性质上说应当是公诉案件，只是因为公安机关、检察机关不履行自己的职责，为了解决老百姓告状无门的问题，惩罚犯罪，才由法律规定被害人可以直接控诉到人民法院，所以人民法院在审理这类自诉案件时，不能适用调解。如果其中有属于告诉才处理的案件或者是轻微的刑事案件，可以允许自诉人和被告人自行和解或者自行调解。
