“存疑不起诉”是修改后的刑诉法对我国公诉制度的一项重要完善，是法律赋予人民检察院自由裁量权的表现形式。这一规定对于减少讼累，提高诉讼效率和质量意义重大，是“诉讼经济效益价值”原则的具体体现。
笔者通过对不起诉案件的统计分析发现，“存疑不起诉”案件有日趋增多的趋势，应引起相应的重视。笔者试就“存疑不起诉”在理论与实践中的一些问题进行粗浅的分析，以求能达到更好地行使不起诉权的目的。
一、存疑不起诉案件适用条件
根据刑诉法第一百四十条第四款的规定，适用存疑不起诉必须具备两个条件：
(一)案件必须经过补充侦查。这是程序条件，这里涉及到的问题有两个：1.由谁负责补充侦查?法律规定可退回侦查机关补查，也可以由检察机关自行补查。现在多数人赞同由公安机关补查，笔者赞同这种观点。因为，第一，公安机关查过该案，熟悉侦查的过程和症结所在，加上其侦查装备水平优于检察机关，这样就可以避免重复劳动且取得事半功倍的效果;第二，这一做法也是宪法确定的三机关“分工负责、相互配合、相互制约”原则的具体体现。当然，若原侦查人员有徇私舞弊嫌疑的可由检察机关补查。2.补查的次数是否必须有两次?笔者认为，一般还是应以两次为宜。因为既然是“证据不足”，那就意味着此案有诸多疑点，应至少补查两次。现行刑诉法对此规定就是为了解决1979年刑诉法造成的无限期滥用退侦手段导致的种种弊端。
(二)案件证据不足，不符合起诉条件。这是实体条件。值得一提的是，这里“证据不足”是指基本犯罪事实的不足，对那些多个罪名多个犯罪事实的案件，如果仅仅是某一罪名或某一事实不清楚，并不足以影响对整个案件的起诉。
二、对司法实践中存疑不诉案件的分析
自现行刑诉法实施以来，检察机关内部均规定，对于存疑不起诉案件必须经过本院检委会讨论后再作出决定。这对于防止放纵犯罪，加强内部监督的机制有十分重要的作用。
据笔者调查，存疑不起诉的案件在整个不起诉案件中所占的比例是相当高的。其中又以公安机关管辖的案件居多数。虽然刑诉法为存疑不诉的案件保留了重新启动程序进行追诉的可能性，但实践中这些已作出存疑不诉的案件，基本上都不再有重新起诉的希望，已经与“无罪”案件画上了等号。事实上是明知确有放纵犯罪之嫌，但却因为证据不充分，不能形成锁链而无力追究。
存疑不诉像个“口袋”，可以囊括所有在定罪证据上出“差错”的案件，较之1979年的刑诉法，无论是从打击犯罪或保护人权的角度看它都是大进步。但在现行刑诉法实施之初，检察机关对适用不起诉手段是十分审慎的。高检院还专门对不起诉的适用在程序上有特别要求，一些省市检察机关还据此明令下达不起诉案件的比率及需上一级审批等程序规定。之所以出现这种情形，是因为刑诉法基于保护被害人的权益实行了“双轨制”，即用自诉权启动审判权来制约不起诉权的不当使用，而检察机关一方面是担心这可能刺激被害人随意行使自诉权来否定已作出的不起诉决定。另一方面也是担心过滥行使不起诉权会引起一些“后遗症”。笔者认为，上述做法对防止滥用不诉权方面有其积极的作用。[page]
三、对存疑不诉案件对策的分析
(一)“辩诉交易”与存疑不诉。
从理论上讲，有人认为，可考虑在可能作出存疑不诉的案件中进行“辩诉交易”。这一制度是二十世纪六七十年代在美国兴起的。它是指控方对被告人能否认定有罪或被定重罪不能确信时，即在罪疑的情况下，选择审判前与辩方进行谈判，如果辩方满足控方要求，则控诉方或者撤销指控或者降格指控或者要求将来对被告人从轻判处。对于辩方，如果他确实有罪，则会考虑以此方法来换取有利于自己的结果。而作为存疑不诉的案件的嫌疑人，在权衡利弊后，一般会接受控方的要求。这种制度不仅节省费用和时间，更重要的是可促使罪疑案件中有罪的人认罪服法，减少了放纵罪犯的可能。我国虽然在刑事诉讼中没有确立“辩诉交易”，但在“坦白从宽”这一政策中体现了类似的因素。笔者认为，由于对罪疑案件，检察机关可以作出起诉的决定或者不起诉的决定，从而使部分罪疑案件依法提起公诉，但这部分案件毕竟存在“证据不足”的情况。如果采取“辩诉交易”，那么就可以将放纵罪犯的可能性减少到最低限度。
(二)“预审法官制”与存疑不诉。
所谓“预审法官制”是指在庭审前，法官对控方移送的案件实行庭前预审的程序。即预审法官在正式庭审前，将控方辩方通知到庭，双方针对有争议的问题出示证据，然后再决定是否进入正式庭审阶段。目前世界上主要国家已经确定了此制度。我国尚未确立这一制度，但刑诉法规定，公诉机关在庭审前要将主要证据复印件移送法院。但由于没有要求辩方提供相关证据(就诉讼公平而言，这是一种不平等交易)，从而导致在庭审当中，控辩双方掌握证据的了解程度的不平等，从而对控方的指控带来了难度。如果起诉的又是一个罪疑案件，那么这一规定在客观上就加大了公诉机关在庭审中的被动性，这在实践中已不乏例证。
总之，存疑不起诉总归是办案中的瑕疵，应尽力避免。对于侦查机关而言，把好证据的收集与运用关是至关重要的“第一道关”;对于检察机关来说，应当在审查批捕环节上认真把关，对不批捕的案件做好侦查监督工作。这样，就可以为案件的进一步取证带来了更多的时间，使得在审查起诉阶段案件更加顺畅。
