在理论上，超过诉讼时效债权的性质为自然债，对诉讼时效已届满的债权行使抵消权完全不违背自然债的法律属性。由于诉讼时效的届满，债权人不能要求通过诉讼程序强制债务人履行，但债务人自愿履行可以得到法律的确认。已经履行的也不能因为超过诉讼时效而要求返还。
也就是说，诉讼时效期间届满，当事人只丧失胜诉权，不丧失起诉权和实体权利。因为起诉权仍然存在，债权人可向人民法院提起确认之诉，要求确认债权债务关系是否存在、或诉讼时效期间是否届满；因为债权债务关系仍然存在，债务人自愿履行的，债权人可以接受；债务人不自愿履行但双方当事人互付到期债务，在符合法律的规定或当事人有约定的情况下，债权人可通过行使抵消权行使权利。
从立法实践上看，国外立法一般认为超过诉讼时效的债权可以用来抵消，而不问主动抑或被动。如日本民法典第508条规定：“因时效而消灭的债权，如果于其消灭之前适合于抵消，其债权人可以实行抵消。”再如德国民法典第390条第二款规定：“因时效而消灭的债权，在其尚未因时效而消灭时适合于抵消者，也得为抵消。
