公司申请破产的，在进行清偿时，应当支付拖欠的职工工资。
根据《企业破产法》
第四十八条
债权人应当在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权。债务人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，不必申报，由管理人调查后列出清单并予以公示。职工对清单记载有异议的，可以要求管理人更正；管理人不予更正的，职工可以向人民法院提起诉讼。
第一百一十三条
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿： （一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金； （二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款； （三）普通破产债权。 破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。 破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
