普通清算是指由公司自行组织清算机构依法进行的清算，普通清算一般适用于自愿解散的情况；特别清算是指公司解散时不能由自己组织进行普通清算，或进行普通清算中发生严重障碍，由有关政府机关或法院介入而进行的清算。二者的区别有以下几个方面：
1、发生的事由不同；普通清算一般是在解散事由出现后由公司自行组织进行的清算。根据公司法的有关规定,公司解散的原因包括：公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；股东会或者股东大会决议解散；因公司合并或者分立需要解散；依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；人民法院依照公司法处理公司僵局的有关规定予以解散。
2、启动程序的主体不同；在适用普通清算程序的情形下,公司的清算过程大多处于常规状态，较少牵涉利益相关者之间的纠纷或冲突，因此，普通清算由公司权力机关自行决议启动。而在适用特别清算程序的情形下，公司清算的整个过程往往伴随着诸多主体之间的利益冲突及对其的化解或平衡,相对于普通清算而言，其对清算程序的要求自然就更为严苛了，所以，特别清算必须由公司,以及公司的股东、债权人、清算人、监察人等向法院或者行政机关申请启动，或者由法院依职权启动。
3.清算人的选任方式不同；普通清算原则上是公司自行选任清算人(法定清算人除外)。而特别清算则由法院或行政机关指定清算人。
4.司法干预程度不同；普通清算原则上是公司自主清算，法院一般情况下不做监督(即使监督也是消极监督，如选任、解任清算人等)，清算事务完全通过公司自治完成。特别清算中特别注重司法权的行使，这主要表现在：
（1）除清算以外的其他法律程序均被停止。特别清算一旦开始,对公司的破产、和解及强制执行程序当然中止。由此可见，特别清算具有破产清算的一些特征。
（2）财产保全。在特别清算开始前或进行中，法院为保全公司财产的需要,基于当事人的申请或依职权，可以采取保全措施，如，记名式股份转让的禁止，发起人、董事、监察人、经理或清算人责任解除的禁止。
