双方确认消除债权债务的方法是，如果有债务已经履行、相互抵销、债权债务同归于一人、债务人提存标的物、或者债权人免除债务等法定或者约定的情形的，债权债务就已经消除。
《中华人民共和国民法典》第五百五十七条
有下列情形之一的，债权债务终止：
（一）债务已经履行；
（二）债务相互抵销；
（三）债务人依法将标的物提存；
（四）债权人免除债务；
（五）债权债务同归于一人；
（六）法律规定或者当事人约定终止的其他情形。
合同解除的，该合同的权利义务关系终止。
第五百五十八条
债权债务终止后，当事人应当遵循诚信等原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密、旧物回收等义务。
第五百五十九条
债权债务终止时，债权的从权利同时消灭，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
