根据《关于规范食品索证索票制度和进货台账制度的指导意见》的规定，对监督检查中发现的不履行索证索票、建立进货台账责任和义务的食品经营者，要责令其立即停止销售，并及时教育、引导、督促其改正；对不按规定索验食品质量检验报告以及食品市场开办者不履行管理责任和义务的，应当按照《特别规定》依法处罚。要按照违法行为记录制度要求，对违法行为进行记录、公布，对有多次违法行为记录、造成后果的食品经营者，要依法从重处罚，直至依法吊销营业执照。
具体的处罚有：没收违法所得、产品和用于违法生产的工具、设备、原材料等物品，货值金额不足5000元的，并处5万元罚款；货值金额5000元以上不足1万元的，并处10万元罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额10倍以上20倍以下的罚款；造成严重后果的，由原发证部门吊销许可证照；构成非法经营罪或者生产、销售伪劣商品罪等犯罪的，依法追究刑事责任。
