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对用人单位违反最低工资支付规定的，有关的法规、规章都作了相应的规定，但在规定的处罚程序和处罚标准上都不尽一致。
1、根据《最低工资规定》规定，由劳动保障行政部门责令其限期补发所欠劳动者工资，并可责令其按所欠工资的1至5倍支付赔偿金。
2、根据《江苏省工资支付条例》规定，由劳动保障行政部门责令其在规定时间内支付劳动者应得的工资，并可以责令其按照劳动者应得工资的1倍以上3倍以下支付赔偿金;情节严重的或者被实施工资支付重点监察2个月以上并且尚未解除的，可以责令其按照劳动者应得工资的3倍以上5倍以下支付赔偿金。
3、根据《劳动保障监察条例》(国务院令423号)规定，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者工资低于当地最低工资标准的有效期额，逾期不支付的，责令用人单位按照应付全额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
劳动保障部与江苏省人大的规定基本一致，即由劳动保障行政部门责令补发，并可责令支付最多5倍的赔偿金。但二者与国务院规定却有两点不同：
一是在程序上，部和省规定在责令补发时，同时可责令支付赔偿金，而国务院规定在责令补发时用人单位逾期不改的，方可责令支付赔偿金;
二是在处罚标准上，国务院规定额度只能在1倍以下支付赔偿金，这低于部和省规定的5倍的标准。
如何适用：
《劳动保障监察条例》是国务院行政法规，《江苏省工资支付条例》是地方性法规，《最低工资规定》是劳动保障部部颁规章，其法规效力的层次是不一样的。上位法没有规定的，下位法可以在不违反上位法原则的前提下作出规定;下位法就同一事项已作出的规定与上位法不一致的，应以上位为准。行政法规的法律效力高于地方性法规和政府及政府部门规章。因此在对用人单位违反最低工资规定进行处罚时，应适用《劳动保障监察条例》。
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中华人民共和国境内的所有企业、有雇工的个体工商户及其劳动者，企业当然也包括乡镇企业;还适用于国家机关、事业单位、社会团体和与之建立劳动关系的劳动者;还适用于民办非企业单位，如学校、医院、科研机构等。这里还应注意的是，劳动者包括用人单位所称固定工、临时工、农民工、短期用工以及试用、熟练、见习期的劳动者等。
最低工资保障制度适用于我国境内的所有企业，包括国有企业、集体企业、外商投资企业和私营企业等。截止到目前，我国已有除西藏外的30个省、自治区、直辖市建立并实施了最低工资保障制度，正式公布了最低工资标准。最低工资保障制度的实施，对促进劳动力市场的发育，促进工资管理和工资支付的法制化，加强企业工资收入的宏观调控，制止部分企业过分压低职工工资，保护劳动者合法权益，发挥了积极作用。
最低工资是指劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动的前提下，其所在企业应支付的最低劳动报酬。我国《劳动法》第五章明确规定，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。最低工资的确定实行政府、工会、企业三方代表民主协商的原则，主要根据本地区低收入职工收支状况、物价水平、职工赡养系数、 平均工资、劳动力供求状况、劳动生产率、 地区综合经济效益等因素确定，另外，还要考虑对外开放的国际竞争需要及企业的人工成本承受能力等。
