用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：
1、代扣个人所得税;
2、代缴社会保险的个人缴费部分和住房公积金的个人缴费部分;
3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书;
4、抵扣用人单位的损失。按《工资支付暂行规定》第16条的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，需要注意的是，这种情况下的扣发，有两个限制，一是每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%;二是扣除后剩余的工资不能低于当地的最低工资，若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。当然，对于劳动者给用人单位造成损失的，也可以选择让劳动者另行一次性赔偿单位损失，但从工资中直接扣发的话，不能违反上述规定。
在劳动者有缺勤的情况下，如病假或事假，用人单位按照法律规定和规章制度规定，对缺勤期间的工资另行计算，比正常上班工资要低，这不是扣发，而是缺勤期间本来就该少拿或不拿工资，是合法的。
相关知识
根据《关于工资总额组成的规定》(1989年9月30日国务院批准1990年1月1日国家统计局令第1号发布)的规定，工资总额由下列六个部分组成：
计时工资;计件工资;奖金;津贴和补贴;加班加点工资;特殊情况下支付的工资。
计时工资是指按计时工资标准(包括地区生活费补贴)和工作时间支付给个人的劳动报酬。包括：对已做工作按计时工资标准支付的工资;实行结构工资制的单位支付给职工的基础工资和职务(岗位)工资;新参加工作职工的见习工资(学徒的生活费);运动员体育津贴。
计件工资是指对已做工作按计件单价支付的劳动报酬。包括：实行超额累进计件、直接无限计件、限额计件、超定额计件等工资制,按劳动部门或主管部门批准的定额和计件单价支付给个人的工资;按工会任务包干方法支付给个人的工资;按营业额提成或利润提成办法支付给个人的工资。
奖金是指支付给职工的超额劳动报酬和增收节支的劳动报酬。包括：生产奖;节约奖;劳动竞赛奖;机关、事业单位的奖励工资;其他奖金。
津贴和补贴是指为了补偿职工特殊或额外的劳动消耗和因其他特殊原因支付给职工的津贴，以及为了保证职工工资水平不受物价影响支付给职工的物价补贴。
津贴。包括：补偿职工特殊或额外劳动消耗的津贴,保健性津贴,技术性津贴,及其他津贴。
物价补贴包括：为保证职工工资水平不受物价上涨或变动影响而支付的各种补贴。
加班加点工资是指按规定支付的加班工资和加点工资。
特殊情况下支付的工资包括：根据国家法律、法规和政策规定，因病、工伤、产假、计划生育假、婚丧假、事假、探亲假、定期休假、停工学习、执行国家或社会义务等原因按计时工资标准或计时工资标准的一定比例支付的工资;附加工资、保留工资。
