面这几种情形下，用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：
1、代扣个人所得税;
2、代缴社会保险的个人缴费部分和住房公积金的个人缴费部分;
3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书;
4、抵扣用人单位的损失。按《工资支付暂行规定》第16条的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，需要注意的是，这种情况下的扣发，有两个限制，一是每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%;二是扣除后剩余的工资不能低于当地的最低工资，若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。当然，对于劳动者给用人单位造成损失的，也可以选择让劳动者另行一次性赔偿单位损失，但从工资中直接扣发的话，不能违反上述规定。
在劳动者有缺勤的情况下，如病假或事假，用人单位按照法律规定和规章制度规定，对缺勤期间的工资另行计算，比正常上班工资要低，这不是扣发，而是缺勤期间本来就该少拿或不拿工资，是合法的。
哪些项目不列入工资总额范围：
(一)根据国务院发布的有关规定颁发的创造发明奖、自然科学奖、科学技术进步奖和支付的合理化建议和技术改进奖以及支付给运动员、教练员的奖金;
(二)有关劳动保险和职工福利方面的各项费用;(见注释1)
(三)有关离休、退休、退职人员待遇的各项支出;
(四)劳动保护的各项支出(见注释1);
(五)稿费、讲课费及其他专门工作报酬;
(六)出差伙食补助费、误餐补助、调动工作的旅费和安家费;
(七)对自带工具、牲畜来企业工作职工所支付的工具、牲畜等的补偿费用;
(八)实行租赁经营单位的承租人的风险性补偿收入;
(九)对购买本企业股票和债券的职工所支付的股息(包括股金分红)和利息;
(十)劳动合同制职工解除劳动合同时由企业支付的医疗补助费、生活补助费等;
(十一)因录用临时工而在工资以外向提供劳动力单位支付的手续费或管理费;
(十二)支付给家庭工人的加工费和按加工订货办法支付给承包单位的发包费用;
(十三)支付给参加企业劳动的在校学生的补贴;
(十四)计划生育独生子女补贴。
