在医疗行为引起的侵权诉讼中，施行“举证责任倒置”的法理依据，主要是医患双方地位不平等和医患双方的信息不对称，导致患方举证困难。因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系以及医疗过程有无过错承担举证的责任。这与《民事诉讼法》中“谁主张，谁举证”的方式正好相反，即一方当事人提出的主张而由对方当事人承担举证责任。这就是通常被称为的“举证责任倒置”。至少包含以下三层含义：
1.患者应当承担初步举证责任。在医疗损害赔偿诉讼中，患者应当对损害赔偿请求权的成立，负有初步的举证责任。即原告首先应当证明其与医疗机构间存在医疗服务合同关系，接受过被告医疗机构的诊断、治疗，并因此受到损害。这种证据法理论上“提出证据责任”。如果患者不能提供证据对上述问题提供证据予以证明，其请求权是不能得到人民法院支持的。
2.举证责任是可以转移的。如果患者对损害赔偿请求权成立的证明达到了表见真实的程度，证明责任就向医疗机构转移。也就是说这样的情况下，医疗机构应当提供证据反驳原告的诉讼请求，即医疗机构应当证明其医疗行为与损害结果之间不存在因果关系或其医疗行为没有过错，这是合情合理的。如果医疗机构不能提出具有合理说服力，足以使人信赖的证据，医疗机构就要承担败诉的结果。从这种意义上讲，“医疗侵权”的举证责任并非倒置，而是举证责任转移的结果。
3.确定责任转移的依据。确定由医疗机构对不存在因果关系和不存在医疗过错承担证明责任，主要基于以下三点考虑：首先，患者的医学知识非常有限，并且在治疗过程也处于被动服从的地位：医疗机构则通过检查﹑化验等诊疗手段掌握和了解患者的生理、病理状况，制定治疗方案﹑熟悉治疗过程。如患者因手术治疗过的。因此，依据公平和诚实信用原则，应当由医疗机构承担举证责任。其次，按错造成损害的，其在手术过程中一直处于麻醉的状态，对医疗过程是不可能知道照举证责任的实质分配标准，举证责任应当由距离证据最近或者控制证据源的一方当事人负担。诊疗过程中的检查﹑化验、病程记录都由医疗机构方面实施或掌握，医疗机构是控制证据源﹑距离证据最近的一方，由其承担举证责任，符合举证责任分配的实质标准。再次，对因果关系和医疗过失的认定，涉及医学领域中的专门问题，一般都要通过鉴定才能认定。
