综合工时制是指分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。实行综合计算工时工作制的岗位，需企业报经当地区县劳动保障局批准，未经批准，不能任意扩大范围。
实行综合计算工时工作制，其工作时间不区分制度工作日与公休日。员工在综合计算工时一个周期内只要总的实际工作时间没有超过法定总的工作时间的，其在公休日工作，不需支付200%加班工资。
《劳动法》第四十四条第(二)款“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资待遇”规定，一般只适用于实行标准工时制员工。
实行综合计算工时工作制员工实行计件工资制，其超过综合计算周期内的总的法定工作时间的部分，要按计件单价工资的150%支付工资报酬。法定休假日安排职工工作的，按300%支付职工工资报酬。
对于实行综合计算工时工作制员工，采取集中工作、集中休息、轮休调休等方式，以确保职工的身体健康和生产、工作任务完成。
对综合计算工时制认识上的几个误区：
认识误区之一：将公休日与制度工作日截然分开分别核算总的实际工作时间与加班时间。
实行综合计算工时工作制，其工作时间不区分制度工作日与公休日。现实当中，有的单位按照标准工时工作制进行考勤，其典型的错误做法是：遇公休日或记加班支付双倍的加班工资，或记休息，造成工时工作制概念上的混乱，加大了工资成本支出。
认识误区之二：逢公休日上班即支付200%加班费。
实行标准工时制在公休日加班的可首先考虑安排补休。实行综合计算工时工作制的应连续计算考核总的实际工作时间，对于超过部分按延长工作时间处理。
认识误区之三：支付加班费就合法。
实行综合计算工时工作制在一个结算周期内，延长工作时间平均每月不得超过36小时。超过法定工时，即使“两厢情愿”，发生争议，也多对用人单位不利。
