对于存疑不起诉案件中的被不起诉人是否有权请求赔偿的问题，目前存在着很大的争议。最高人民法院和最高人民检察院的认识不一，理论界和实务界的观点也相距甚远，主要有以下两种对立的观点：
一、国家对存疑不起诉中的被不起诉人不承担刑事赔偿责任
多数实务工作者和部分学者主张国家对存疑不起诉案件中的被不起诉人不承担刑事赔偿责任，主要理由归纳有以下几点为：
1、作出存疑不起诉和批准逮捕是两个独立的诉讼决定，不起诉决定并不否定前面的诉讼行为。存疑不起诉的结果尽管也是以犯罪嫌疑人无罪而结束刑事诉讼，但不能因此否定先前作出的逮捕决定，两者都是对案件的一种阶段性评价，如果因为后来查明证据的变化而否定先前作出的决定，而要求作出决定的机关和办案人员承担责任，这于情于理都是令人难以接受的。对于当时符合逮捕条件的犯罪嫌疑人实施逮捕，但最终因为证据发生变化而认为是无罪的，在这种情况下，对犯罪嫌疑人的羁押是合法的羁押，国家不应承担赔偿责任;
2、存疑不诉其实质是对案件所作暂时不起诉处分，并非对案件的实体处分，不能作为被羁押的犯罪嫌疑人无罪的最终结论。也就是说，之所以不能起诉是由于证据上的瑕疵，导致不符合起诉条件，它与法院的无罪判决有着本质上的区别。在存疑不起诉的情形中，被不起诉人仍然存在着有罪或无罪两种可能;
3、存疑不起诉不属于《国家赔偿法》规定的赔偿范围，因此亦不符合赔偿的条件。由于国家赔偿法的制定和实施早于刑事诉讼法的修订，对存疑案件是否应当给予赔偿，《国家赔偿法》没有明确的规定，之后又没有这方面的补充规定，无法可依;
4、“疑罪从无”的后果并不意味着必然要求对被不起诉人进行赔偿。按照“疑罪从无”原则处理的案件，毕竟不同于已经查明了确系无辜的无罪，刑事诉讼保护人权的精神并不是以国家赔偿来衡量的，不起诉与是否对捕后的被不起诉人给予国家赔偿是两种不同性质的问题，对捕后的被不起诉人是否予以赔偿，应只取决于逮捕的正确与否;
5、对存疑不起诉案件予以赔偿，可能会产生负面的影响。由于存疑不起诉系因证据不足而不起诉，当检察机关发现新的证据，符合起诉条件时，可能重新启动公诉程序，这样就不可避免出现已经赔偿的如何追偿的问题，势必会造成司法实践中的混乱。同时，如果对存疑不起诉案件予以赔偿，间接地证明公安机关和人民检察院办错了案件，直接影响到办案人员的积极性，很可能造成以后执法畏难心理。
二、国家对存疑不起诉中的被不起诉人承担刑事赔偿责任而多数学者和部分实务工作者却主张国家对存疑不起诉案件中的被不起诉人承担刑事赔偿责任，认为：
1、对国家赔偿法的理解和解释，应注重时代性，与时俱进，而不能拘泥于立法时的本意。基于此，对国家赔偿法第15条第2项规定的“没有犯罪事实”的理解，理应包括事实上没有犯罪事实和法律上没有犯罪事实两种情况。惟有此，方能使被捕的法律意义上的无辜者可以获得救济，不仅有利于对公民权利的保障，亦与国家赔偿法的立法精神相符合，否则，有悖国家赔偿法“强化人权保障”的意旨;
2、对存疑不起诉予以国家赔偿，是严格贯彻“疑罪从无”原则和注重“保障人权”的现代诉讼文明的要求。存疑不起诉中的被不起诉人，在客观上其可能有罪也可能无罪，法律之所以作出这种选择，是在惩罚犯罪和保护人权权衡利弊后作出的一种明智而又理性的选择，这种选择也是符合当今社会法治的潮流。即使某些被不起诉人在事实上是有罪的，但没有证据去证实，也应将其视为无罪，作为客观上无罪一样对待。否则，极有可能重新陷入“疑罪从有”的怪圈;
3、是保障被追诉者合法权益的需要，也是追诉机关的职责使然。被不起诉人被羁押后，既无劳动的权利又无劳动的收入，思想上和精神上承受了巨大的压力和折磨，即使因不起诉被释放，但是，他们的人身、经济、精神损失是无法换回的。只有检察机关代表国家给予他们一定的经济补偿，才能使其心灵上得到抚慰，消除其逆反心理，这样做，不仅可以在一定程度上维护了被不起诉人的合法权益，而且在另一层面也有利于维护社会的安定，消除隐患。同时，造成证据不足的状态与追诉机关行使职权失当不无相关，虽然有时是客观的原因，但也不能排除一定情况下主观的因素，如对证据把关不严，未及时收集关键证据等等。为此，由国家对羁押后的被不起诉人承担一定的赔偿责任也是合情合理的;第四，对证据不足被不起诉人予以赔偿，能够促使检察机关及其具体办案人员吸取教训和改进工作，有利于提高案件质量。并且可以在一定程度上遏制以往司法实践中一贯的“以拘代侦”和“以捕代侦”等做法恶习。
