校车超员是校车发生安全事故的重要原因。国务院出台的《校车安全管理条例》中规定，校车载人超过核定人数的，由公安机关交通管理部门扣留车辆至违法状态消除，并依照道路交通安全法律法规的规定从重处罚。
条例对违法使用拼装车辆充当校车的行为，处罚更加严厉。条例规定，使用拼装车或者达到报废标准的机动车接送学生的，由公安机关交通管理部门收缴并强制报废机动车;对驾驶人处2000元以上5000元以下的罚款，吊销其机动车驾驶证;对车辆所有人处8万元以上10万元以下的罚款，有违法所得的予以没收。
条例规定，使用未取得校车标牌的车辆提供校车服务，或者使用未取得校车驾驶资格的人员驾驶校车的，由公安机关交通管理部门扣留该机动车，处1万元以上2万元以下的罚款，有违法所得的予以没收。
同时，条例还对学校、地方政府等违反校车安全管理规定的行为规定了严格的法律责任。学校违反本条例规定的，除依照本条例有关规定予以处罚外，由教育行政部门给予通报批评;导致发生学生伤亡事故的，对政府举办的学校的负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分;对民办学校由审批机关责令暂停招生，情节严重的，吊销其办学许可证，并由教育行政部门责令负有责任的领导人员和直接责任人员5年内不得从事学校管理事务。
条例还规定，县级以上地方人民政府不依法履行校车安全管理职责，致使本行政区域发生校车安全重大事故的，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分。
