公证员对于证据的认定享有相当大的自由裁量权，如前所述，公证证据的举证责任在于公证申请人，并且由公证员单方面对于证据作出最终的判断，因此，公证机构作为法律服务机构，应对申请人负责并且保护申请人的合法权益，同时对自身的行为应防止权力的滥用，因此，设定有关公证证据认定的一般标准显得相当重要。
(一)主体标准所谓主体标准，是指公证申请人必须有证明材料证明其符合《公证程序规则》第9条对于公证当事人的要求，即以自己的名义向公证机构提出公证申请，与申请公证事项有法律上的利害关系。由于公证活动是以申请人的申请为基础的，因此申请人最先提供的证明材料大体能够证明申请人是符合规定的适格的当事人。例如，在受理申请人要求对于手机中所存储的短信进行证据保全的公证时，申请人首先应当提供证据证明该手机及手机号码是归其合法所有的，如提供购买手机的发票、电话费帐单、电信部门的有关证明等。
(二)实体与程序标准所谓实体与程序标准，是指申请人提供的证据应该是以合法、真实为前提和基础的。虽然在《公证法》第27条中真实、合法、充分是并列的，但是如同本文第一部分所提到的，只有据以认定事实的证明材料才能被称为证据，合法和真实应当是公证机构认定证据是否充分的前提，即证据的充分应包含了合法和真实。从另外一个角度考虑，表面形式上再充分再完备的证明材料，如果它本身是虚假的或非法的，那么它也不能成为公证机构出具公证书的依据。
除了考虑证明材料实体上是否合法，我们还要确认申请人获得该证明材料程序或途径的合法性，特别在强调程序正义的今天，我们也应更多地将目光放在申请人获得证明材料程序的合法性上，如果我们获知申请人取得材料的过程是非法的，就应该拒绝为之公证。
证明材料的真实，可以分为客观真实和法律真实，前者指以事物的本来面目认识事物，认识与客观实际情况相一致;而后者是从法律角度认可的事实。客观真实永远是我们所追求的完美的目标，但是并不是唯一的价值取向，而且也可能是难以完全达到的境界。公证员对证明材料真实性的认定也应该建立在法律事实的基础上，而不能拘泥于纯粹的客观事实。例如，在办理遗嘱继承权公证时，当事人提供了一份经公证的遗嘱，以及另一份内容不同未经公证的遗嘱，但所立时间晚于公证遗嘱，那么，我们只能基于公证遗嘱办理继承权公证，因为公证遗嘱所反映的是法律真实，而客观真实可能是立遗嘱人在后一份遗嘱中所反映的意愿。
(三)充分标准所谓充分标准，是指申请人提供的证明材料能够足以证明公证书中的公证事项，而且各个证明材料之间没有矛盾，互为印证，并能形成一个完整的证据链。
