1.船长在公法上的权限
船长身份的取得虽然是基于聘任合同，但是为了维持船上的秩序和处理意外事件，法律常常赋予船长公法上的权限。船长在公法上的职权，主要体现在以下方面：
(1)船舶指挥命令权。管理与驾驶船舶是船长的主要职责。《海商法》第35条明确规定：船长负责船舶的管理和驾驶;船长在其职权范围内发布的命令，船员、旅客和其他在船人员都必须执行;船长应当采取必要的措施，保护船舶和在船人员、文件、邮件、货物以及其他财产。
(2)行政管理权。为了维护船上秩序，船长可以对航行过程中的突发性事件行使一定的行政权。《海商法》第37条规定，船长应当将船上发生的出生或者死亡事件记入航海日志，并在两名证人的参加下制作证明书。死亡证明书应当附有死者遗物清单。死者有遗嘱的，船长应当予以证明。死亡证明书和遗嘱由船长负责保管，并送交家属或者有关方面。
(3)准司法权。《海商法》第36条规定，为了保障在船人员和船舶的安全，船长有权对在船上进行违法、犯罪活动的人采取禁闭或者其他必要措施，并防止其隐匿、毁灭、伪造证据;同时制作案情报告书，由船长和两名以上在船人员签字，连同犯罪嫌疑人送交有关当局处理。
2.船长在私法上的权限
(1)报酬请求权。船长经船舶所有人的聘用在船上任职，依法应享有薪金、伤病、抚恤、退休及保险费用请求权。
(2)代理权。在通常情况下，船长可以代理船舶所有人接收运送、发给载货凭证或者与第三人订立船舶修理、引水、拖带、救助或港口代理合同。在特殊情况下，船长可以代理货主处理与货物有关的事务。
(3)船舶或货物的处分权。对船舶的处分权主要指在遭遇海难致使船舶沉没、毁灭不可避免时，船长有权决定弃船，但情况允许时，应先征得船主同意。对货物的处置包括处置船员私载违禁物品、未经申报的货物、收货人逾期未领取的货物以及对货物行使留置权等。
