我国处理海事争议的机构主要有三个，即港航行政部门、海事仲裁机构、海事法院。
(一)港航行政部门
我国的港航行行政部门主要是指港务监督，它隶属于交通部水上安全监督局，负责对沿海水域的交通安全实施统一监督管理，行使航政管理职能。
港务监督机构处理海事纠纷的法律依据主要是1983年9月2日颁布、1984年1月1日实施的《中华人民共和国海上交通安全法》、 1990年通过的《中华人民共和国交通部海上交通事故调查处理条例》、《中华人民共和国船舶登记条例》、《中华人民共和国渔港水域安全管理条例》和 2000年4月1日实施的《中华人民共和国海洋环境保护法》等。
我国《海上交通安全法》规定港监主要有以下职责：
1.负责监督船舶的航行、停泊和作业。
2.负责安全保障。
3.负责管理危险货物的运输。
4.对影响交通安全、航道整治以及有潜在爆炸危险的沉没物、漂浮物，港监要采取措施打捞清理，同时，对于船舶或设施发生的交通事故，港监要查明原因、判明责任，进行处理。
我国《海洋环境保护条例》规定了港监要负责船舶排污的监督和调查处理，并有权强制采取避免或减少污染损害的措施，负责港口水域的监视，并主管防止船舶污染损害的环境保护工作。
我国《船舶登记条例》规定港监是船舶登记主管机关，具体实施船舶的登记。
港监部门的海事处理权是其行使行政职能的表现，而不是司法行为，如果出现了海难事故，就要根据行政诉讼法的规定，首先向港监申请处理，而不能直接向法院起诉，法院也不予受理。而对于港监的行政处理，当事人不服的，可在法定期限内向法院起诉，由法院作出裁定或判决。
(二)海事仲裁委员会
海事仲裁委员会是我国处理海事仲裁案件的机构。
(三)海事法院
1984年11月28日，最高人民法院发布了《关于设立海事法院几个问题的决定》，在广州、上海、青岛、天津、大连设立海事法院，并划分了各海事法院的管辖区域。之后，又相继设立了武汉、海口、厦门、宁波等海事法院，负责管辖第一审海事案件和海商案件，而对海事法院的判决和裁定的上诉案件，由海事法院所在地的高级人民法院管辖。各海事法院设立海事审判庭、海商审判庭、研究室和办公室等机构。
