办理票据贴现的风险主要有：
1、票据的真伪风险，碰到假票，就完了;
2、票据合规性风险;
3、贴现利率风险;
4、票据保管风险;
5、贴现资金汇划风险。
票据贴现风险具有短期性、易暴露性、有限性、可控性等特点，在业务办理过程中应严密手续、规范操作，这是防范票据贴现风险的前提。具体来说应坚持做到以下几个方面：
首先，要坚持贴现条件。业务人员在受理票据贴现业务时，必须认真审查贴现条件，符合规定才能受理，不能有半点疏忽。
其次，要规范操作行为。业务人员在受理过程中，必须严格按照规定流程依次进入各个环节，切忌疏漏。同时，要层层把关，细致地审核票据要素和票据防伪标记，弄清票据的真实性和有效性，避免对已被承兑地挂失并经公示催告的票据进行贴现，防止假票、有瑕疵票据贴现。
此外，还要认真审查增值税发票、合同与贴现票据的相关性和真实性，确保贴现申请人与前手具有真实、合法的商品或劳务关系等。
完善内控制度，强化内部管理，使票据贴现业务流程和操作达到规范化要求并落实到位，这是防范票据贴现风险的屏障。
首先要完善制度建设。根据票据贴现业务风险状况、阶段性特征及上级部门有关贴现管理规定，制定相应的票据贴现管理办法，确定贴现的手续、条件、业务程序和操作要点，同时明确岗位职责，加强业务部门对业务程序的约束和控制，从制度上保障票据贴现业务的规范、安全、有效运作。
其次是落实岗位职责。基层社要对票据初审、票据查询、贴现核算、票据保管、贴现资金流向等事项负责;县级联社的审查审批手续，由会计、信贷、内审部门共同承担，各相关部门确定专人，分别对票据真实性、贸易背景真实性、贴现利率执行情况等环节负责。
此外，还要规范管理。一是规范基础管理。认真做好贴现业务相关资料收集保存工作，建立贴现业务台账，保证贴现资金按期收回。二是规范责任管理。贴现业务从受理、审批到账核算的各个环节，必须实行严格的责任管理，凡职责不到位，形成贴现风险隐患的，要追究当事人应负的责任。三是规范跟踪管理。开展企业贴现资金流向的后续管理，监测企业合法合规使用贴现资金。
