仲裁机构在其仲裁规则中都规定有申请仲裁费，这是每一个仲裁案件的当事人都必须缴纳的费用。它的计算方式是按照争议金额的不同，适用不同的比率得出当事人应缴的申请仲裁费。一般，争议金额越大，收费比例越小。对于确认之诉或者没有具体金额的，仲裁机构一般都有一个替代的计算方式。在中国地方仲裁机构和中国国际经济贸易仲裁委员会受理的国内争议仲裁中，申请仲裁费用分为两部分：即案件受理费和案件处理费 .在中国国际经贸易仲裁委员会受理的国际或涉外案件中，当事人应缴纳的申请仲裁费除了按费用表计算的费用预缴外，每一案件还要缴纳 1 万元人民币的立案费。 这里说的申请仲裁费用对于案件的反请求人同样适用。
需要说明的是，仲裁机构收取的上述费用中实际包含了两部分内容：仲裁机构的案件管理费用和仲裁员办理案件的报酬。由于中国仲裁机构对仲裁费采取集中收取的办法，仲裁机构不再另行收取仲裁员报酬。仲裁员报酬将由仲裁机构从收取的申请仲裁费中分割出来。
