停止执行死刑程序是指下级人民法院在接到最高人民法院执行死刑命令后、执行前，发现有刑事诉讼法第二百一十一条第一款、第二百一十二条第四款规定的情形的，暂停执行死刑，并立即将请求停止执行死刑的报告及相关材料上报最高人民法院审批。
2008年11月最高人民法院审判委员会通过的《最高人民法院关于适用停止执行死刑程序有关问题的规定》明确规定，“最高人民法院经审查，认为不影响罪犯定罪量刑的，应当裁定下级人民法院继续执行死刑;认为可能影响罪犯定罪量刑的，应当裁定下级人民法院停止执行死刑。下级人民法院停止执行后，应当会同有关部门调查核实，并及时将调查结果和意见层报最高人民法院审核。”
“最高人民法院在执行死刑命令签发后、执行前，发现有刑事诉讼法第二百一十一条第一款、第二百一十二条第四款规定的情形的，应当立即裁定下级人民法院停止执行死刑，并将有关材料移交下级人民法院。下级人民法院会同有关部门调查核实后，应当及时将调查结果和意见层报最高人民法院审核。”
“对于下级人民法院报送的请求停止执行死刑的报告及相关材料，由最高人民法院作出核准死刑裁判的原合议庭负责审查，必要时，依法另行组成合议庭进行审查。”
“最高人民法院对于依法已停止执行死刑的案件，依照下列情形分别处理：
(一)确认罪犯正在怀孕的，应当依法改判;
(二)确认原裁判有错误，或者罪犯有重大立功表现需要依法改判的，应当裁定不予核准死刑，撤销原判，发回重新审判;
(三)确认原裁判没有错误，或者罪犯没有重大立功表现，或者重大立功表现不影响原裁判执行的，应当裁定继续执行原核准死刑的裁判，并由院长再签发执行死刑的命令。”
