为防止破产抵销权利为当事人所滥用，损害他人利益，许多国家的破产法对抵销权的行使均规定有禁止条款，违法抵销的行为无效。 通常破产法中禁止抵销的有以下几种情况：
第一，在破产宣告后，破产债权人对破产财产负有债务的。因为破产宣告前的债务是对破产人产生的，破产宣告后的债务则是对破产财产产生的，两者主体实际上并不相同。破产财产是用于清偿全体破产债权人的，如允许这种债务抵销，就会在债权人间出现不公平清偿的现象。例如，破产债权人在破产宣告后购买破产企业财产，负有债务，不予清偿，却用其不能获得完全清偿的破产债权来全额抵销，从中渔利，使其他破产债权人可分得的破产财产减少。这种行为不仅损害其他债权人的利益，还可能造成破产秩序的混乱，故法律规定，这种债务不得抵销。
第二，破产人的债务人在破产宣告后取得他人的破产债权，也是禁止抵销的。因为这种债权本身虽成立于破产宣告之前，但对债务人来说，其取得却是在破产宣告之后。转手之后禁止抵销，原因就在于在债权转手过程中，会出现侵害多数破产债权人利益的行为。破产债权一般只能获得原额一定比例的清偿，实际价值远低于名义价值。但当它用于抵销债务时，却可获得全额清偿，这就使破产清偿与抵销清偿之间出现了一定的差额。如果允许破产人的债务人用破产宣告后取得的他人破产债权对债务抵销，那未势必会出现债务人低价收买破产债权抵销债务，非法谋利的现象。例如，甲对破产人负有10万元债务，乙对破产人享有10万元破产债权，根据破产人的财产状况，乙的债权依破产程序至多能获得4万元清偿。这时，甲便可能向乙提出以6万元价款购买其10万元破产债权。乙因此可多得2万元，并立即得到偿还，自然是何乐而不为。甲用这10万元债权去抵销自己必须完全清偿的10万元债务，也少支付了4万元，双方均有利可图。这差额的6万元，原应是在甲还债之后纳入破产财产，分配给全体破产债权人的，现在却被甲乙两人瓜分，显然是侵害了其他破产债权人的利益。所以在这种情况下，法律禁止抵销。日本的学者认为，在此种情况下，即使破产人的债务人对破产债权的取得，是在其不知道破产事实的情况下善意的结果，或是基于法定的原因(如继承)，也均禁止抵销。
第三，破产债权人在已知破产人停止支付或有破产申请的情况下，对破产人发生的债务，禁止抵销。前两项禁止抵销的规定，是以破产宣告为基准日的。但是，仅禁止破产宣告前的不当抵销行为尚不足以保证多数破产债权人的利益，维护清偿的公平。破产债权人在已知破产人停止支付或有破产申请的情况下，即在债务人的破产危机期间，便可能出于抵销牟利之目的，恶意对破产人发生的债务，所以，此种债务不得抵销。但是，如果债务的发生，是基于法定原因(如继承)或得知上述情况以前的原因，则不在禁止抵销之列。
第四，破产人的债务人在已知破产人停止支付或有破产申请的情况下，取得破产债权或取得的他人破产债权，出于与上条同样的原因，也禁止抵销。日本的司法判例认为，此款的禁止范围，包括对“通过对他人的破产债权作出代位偿还所取得的债权”。但是，如果债权的取得，是基于法定原因(如继承)或得知上述情况以前的原因，则不在禁止抵销之列。 除此之外，其他法律、法规在实体法意义上规定禁止抵销的情况，在破产程序中也同样适用。如破产债权人因侵权行为而对破产人产生的债务应当禁止抵销。根据最高人民法院的司法解释，破产企业的股东享有的破产债权，不得与其未到位的注册资本金相抵销。日本的司法判例及一些学者认为，破产人的保证人或连带债务人不得行使抵销权。
应加以注意的是，在破产案件中，破产法上的抵销往往是与民法上的抵销同时并存的。破产程序并不排斥民法上的抵销在不违背破产法公平清偿原则下的适用。但是两种抵销权利适用的条件有所不同，要区别情况，方能正确行使权利，使破产程序得以顺利进行。
