(一)合作企业收益或者产品的分配
合作企业收益或者产品的分配方式应当在合作企业合同中予以约定。合作企业在分配方式上，可以实行利润分成，也可以实行产品分成，后者一般是在资源开发项目中采用的。至于利润分成、产品分成的比例，也是由中外合作者在合作企业合同中约定的。由于具体情况不同，合同当事人可以约定在合作企业期满前始终按同一个比例实行利润或产品分成，也可以在合作企业期满前的一定时期按某种比例分成，在另外的时期按别的比例分成。
(二)合作企业外国合作者投资的回收
在实践中，通常约定合作企业在合作期满时，其全部固定资产归中国合作者所有。为平衡中外各方的利益，一般采用让外国合作者在合作期限内先行回收投资的办法。回收投资的办法一般有三种：其一，合作前期从企业税后利润中给外方多分配，以后逐年递减，即优先保证外方实现利润;其二，经税务机关批准，实行税前分配，即外方合营者在合作企业交纳所得税前回收投资;其三，经税务机关批准，通过加速固定资产折旧的办法，用折旧金偿还外方的投资。
如果外国合作者在合作期限内回收投资尚未完毕，经过审批机关批准，可以延长合作期限，以保证外商继续回收应予回收而尚未回收的投资。
合作企业合同约定外国合作者在缴纳所得税前回收投资的，必须向财政税务机关提出申请，由财政税务机关依照国家有关税收的规定审查批准。
