如果当地的卫生行政部门，接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告，或者医疗事故争议当事人，要求处理医疗事故争议的申请后，卫生行政部门认为需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
当地卫生行政部门启动医疗事故鉴定的程序医疗卫生行政主管部门接到下属的医疗机构的报告组织的鉴定;或者是患者及其家属单方面要求卫生行政主管部门组织医疗事故鉴定，并且得到许可的情况下方可以启动。
该程序的启动往往需要医疗机构的报告，卫生部门认为必要;或者患者自己提出请求，卫生部门同意、许可，才可以启动。如果医疗机构没有向卫生主管部门提出报告;卫生主管部门认为没有必要鉴定;或者患者及其家属提出鉴定申请，但是卫生行政主管部门认为没有必要鉴定，或者拒绝鉴定的，则该程序是无法启动的!患者及其家属是可以单方面向卫生行政主管部门提出启动鉴定申请的要求的。
如果是卫生行政部门组织鉴定的，则往往是在医疗诉讼程序前，未进入医疗诉讼程序的情况下。如果纠纷已经进入诉讼程序，往往医学会是拒绝受理的。等待法院的委托或者当事人的协商结果，通过在诉讼中的请求和委托进行医疗事故鉴定。
